r - R 中使用 brm 的负二项式回归在使用多核时会导致错误

Question

我正在使用 brms 包中的 brm 函数计算负二项式回归。由于这需要相当长的时间，我想按照 documentation 中的建议使用多个核心。 .

bfit_s <- brm(
  dep_var ~ ind_var +
    var1 +
    var2 +
    (1 | some_level1) + (1 | some_level2),
  data = my_df,
  family = negbinomial(link = "log", link_shape = "log"),
  cores = 4,
  control = list(adapt_delta = 0.999)
)

但是，我遇到了一个错误，指出所有四个工作人员的连接均失败:

Compiling the C++ model

Start sampling
starting worker pid=11603 on localhost:11447 at 14:13:56.193
starting worker pid=11601 on localhost:11447 at 14:13:56.193
starting worker pid=11602 on localhost:11447 at 14:13:56.198
starting worker pid=11604 on localhost:11447 at 14:13:56.201
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> -> slaveLoop -> makeSOCKmaster
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> -> slaveLoop -> makeSOCKmaster
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> -> slaveLoop -> makeSOCKmaster
Execution halted
Execution halted
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> -> slaveLoop -> makeSOCKmaster
Execution halted

回溯显示 makePSOCKcluster(names = spec, ...) 中出现错误:集群设置失败。 4 个工作人员中有 4 个无法连接。

我试图理解这个问题，阅读了一些关于SO的问题，例如this ，但无法弄清楚为什么无法连接。我使用的是 macOS Mojave，问题不在于我尝试使用尽可能多的内核。关于如何让它在多个内核上运行有什么建议吗？

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编辑: 正如 sjp 在他的回答中指出的那样，RStudio 存在问题。我想我在我的问题中分享了解决问题的代码，因此每个偶然发现的人都可以解决这个问题，而无需进一步单击(和阅读)。

问题出在 R-4.0.0 的parallel 包上。 - 但用户从 this 提供了解决方法斯坦论坛。如果您可以使用 setup_strategy="sequential" 初始化集群，如下所示:

cl <- parallel::makeCluster(2, setup_strategy = "sequential") 

您可以在 ~/.Rprofile 中添加一个简短的片段，以将这种设置设为默认设置:

## WORKAROUND: https://github.com/rstudio/rstudio/issues/6692
## Revert to 'sequential' setup of PSOCK cluster in RStudio Console on macOS and R 4.0.0
if (Sys.getenv("RSTUDIO") == "1" && !nzchar(Sys.getenv("RSTUDIO_TERM")) && 
    Sys.info()["sysname"] == "Darwin" && getRversion() == "4.0.0") {
  parallel:::setDefaultClusterOptions(setup_strategy = "sequential")
}

Answer 1

这是与 RStudio 有关的已知问题。在 Stan 论坛和 Github 上查看这些相关帖子。

Github:https://github.com/rstudio/rstudio/issues/6692

斯坦论坛:https://discourse.mc-stan.org/t/r-4-0-0-and-cran-macos-binaries/13989/13