linux - 无法创建 Conda 环境状态 : 143

Question

我正在尝试通过 Linux 命令行对某些数据运行 nexflow 管道，但是当我这样做时，它失败了，因为它无法创建 Conda 环境。

尽管环境未正确设置，但看起来它仍会尝试运行管道，因此会生成一条错误消息。任何帮助将非常感激。这是错误消息:

Error executing process > 'my_process (1)'
Caused by:
  Failed to create Conda environment
  command: conda env create --prefix /my_file_path-6bf38a923b48a255f96ea3d66d372e6c --file /my_file_path/environment.yml
  status : 143
  message:

这是我的 environment.yml 文件:

name: pipeline_name
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - filtlong
  - blast==2.5
  - minimap2 
  - samtools 
  - pysam 
  - pandas 
  - matplotlib 
  - pysamstats
  - seaborn 
  - medaka
  - bedtools
  - bedops
  - seqtk
  - bioawk
  - sniffles

Answer 1

不是这个问题的答案，但如果您遇到类似的失败且不同的退出状态(120，而不是 143)，请尝试此线程中的修复。在此处重新发布:

来自文件的 conda 环境无法使用 nextflow · 问题 #1081 · nextflow-io/nextflow:https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/1081

pditommaso commented on Mar 18, 2019
The 120 exit status signals that it was reached the creation timeout. Try increasing it, eg.

conda.createTimeout = '1 h'