使用 igraph package 生成树作为图的子类是 R 中的事实标准.
包裹ggtree在树可视化方面非常通用。它seems一些绘图功能超出了 igraph 的能力.
这就引出了一个问题:
有没有办法使用由 igraph 生成的有效树图对象？包(即下面的示例)作为具有 ggtree 的可视化的输入?
library(igraph)
g <- graph.tree(20, 2)
最佳答案
这是一个好主意。
ggtree 是为系统发育分析而设计的。某些功能可能无法直接应用于 igraph 等其他对象。为了让支持更顺畅，就是将 igraph 对象转换为 phylo 对象。以便转换后，可以使用 ggtree 对其进行可视化并支持所有功能。
转换的问题是 igraph 允许单例，如发布的示例中所示，而 phylo 不允许，因为它在进化中毫无意义。
我会考虑在 future 的版本中开发一个转换功能。
引用
G 宇 , DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam*。 ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data . 生态学与进化方法 . doi:10.1111/2041-210X.12628 .
关于r - 使用 ggtree 绘制 igraph 树对象，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/31441434/