r - R : Catch errors and continue execution after logging the stacktrace (no traceback available with tryCatch)

Question

我在服务器上运行的R中有许多无人值守的批处理作业，运行后我必须分析作业失败。

我试图捕获错误以将其记录并从错误中恢复，但是我无法获取堆栈跟踪(traceback)来记录导致错误的R命令的代码文件名和行号。 (愚蠢的)可复制示例:

f <- function() {
  1 + variable.not.found    # stupid error
}

tryCatch( f(), error=function(e) {
  # Here I would log the error message and stack trace (traceback)
  print(e)            # error message is no problem
  traceback()         # stack trace does NOT work
  # Here I would handle the error and recover...
})

运行上面的代码将产生以下输出:

simpleError in f(): object 'variable.not.found' not found

No traceback available

跟踪不可用，其原因已在R帮助(?traceback)中记录:

Errors which are caught via try or tryCatch do not generate a traceback, so what is printed is the call sequence for the last uncaught error, and not necessarily for the last error.

换句话说:使用tryCatch捕获错误确实会杀死堆栈跟踪!

我怎么能够

处理错误和

记录堆栈跟踪(回溯)以进一步检查

[可选地]是否使用了未保证将来无法使用的未记录或隐藏的R内部函数？

多谢!

Answer 1

很抱歉，回答很长，但我想在一个答案中总结所有知识和引用!

要解决的主要问题

tryCatch将调用堆栈“展开”到tryCatch调用，以便traceback和sys.calls不再包含完整的堆栈跟踪，以标识导致错误或警告的源代码行。

通过传递tryCatch条件的处理程序函数

warning aborts the execution if you catch a warning。如果只想记录警告，则无法照常继续执行。

dump.frames写入堆栈跟踪的评估环境(框架)，以允许事后调试(=检查每个函数调用中可见的变量值)，但是 dump.frames "forgets" to save the workspace too if you set the parameter to.file = TRUE 。因此，重要的对象可能会丢失。

因为R不支持开箱即用的ogt_rli，所以找到一个简单的日志记录框架

用源代码行丰富堆栈跟踪。

解决方案概念

使用withCallingHandlers而不是tryCatch获取指向引发错误或警告的源代码行的完整堆栈跟踪。

仅在withCallingHandlers(而不是tryCatch)内捕获警告，因为它仅调用处理程序函数，但不会更改程序流。

用withCallingHandlers包围tryCatch，以根据需要捕获和处理错误。

将dump.frames与参数to.file = FALSE一起使用，将转储写入名为last.dump的全局变量中，并通过调用save.image将其与全局环境一起保存到文件中。

使用日志记录框架，例如。 G。包futile.logger。

设置options(keep.source = TRUE)时，

R会跟踪源代码引用。您可以将此选项添加到.Rprofile文件中，也可以使用设置该选项的启动R脚本，然后使用source您的实际R脚本。

要使用跟踪的源代码行丰富堆栈跟踪，可以使用未公开说明(但广泛使用)的limitedLabels函数。

要从堆栈跟踪中筛选出R个内部函数调用，您可以删除所有没有源代码行引用的调用。

实作

代码模板

代替使用tryCatch，您应该使用以下代码片段:

library(futile.logger)

tryCatch(
  withCallingHandlers(<expression>,
    error = function(e) {
      call.stack <- sys.calls() # is like a traceback within "withCallingHandlers"
      dump.frames()
      save.image(file = "last.dump.rda")
      flog.error(paste(e$message, limitedLabels(call.stack), sep = "\n"))
    }
    warning = <similar to error above>
  }
  error = <catch errors and recover as you would do it normally>
  # warning = <...> # never do this here since it stops the normal execution like an error!
  finally = <your clean-up code goes here>
}

通过包(tryCatchLog)可重用的实现

我已经用上述所有概念实现了一个简单的程序包。
它使用tryCatchLog包提供功能futile.logger。

用法:

library(tryCatchLog)  # or source("R/tryCatchLog.R")

tryCatchLog(<expression>,
            error = function(e) {
              <your error handler>
            })

您可以在github上找到免费的源代码:

https://github.com/aryoda/tryCatchLog

您也可以source tryCatchLog function，而不使用完整的软件包。

示例(演示)

请参阅demo file，其中提供了很多注释以解释其工作方式。

引用文献

其他tryCatch替换

记录警告和错误，并具有在try catch中执行多次尝试(重试)的功能。 G。用于访问不可靠的网络驱动器:

Handling errors before warnings in tryCatch

withJavaLogging函数不依赖于其他软件包，该函数还使用limitedLabels丰富了对调用堆栈的源代码引用:

Printing stack trace and continuing after error occurs in R

其他有用的链接

http://adv-r.had.co.nz/Exceptions-Debugging.html

A Warning About warning() - avoid R's warning feature

In R, why does withCallingHandlers still stops execution?

How to continue function when error is thrown in withCallingHandlers in R

Can you make R print more detailed error messages?

How can I access the name of the function generating an error or warning?

How do I save warnings and errors as output from a function?

options(error=dump.frames) vs. options(error=utils::recover)

General suggestions for debugging in R

Suppress warnings using tryCatch in R

R Logging display name of the script

Background information about the "srcrefs" attribute (Duncan Murdoch)

get stack trace on tryCatch'ed error in R