python - pandas str.split给我一个意想不到的语法错误

Question

我正在尝试仅用两个'之间的字符串部分替换列值。使用分割功能。这是我正在使用的行:

df["Sample"] = df["Sample"].str.split(".").str[1]

我也尝试使用以下方法，但是有相同的问题:

df["Sample"] = df["Sample"].str.split(".",maxsplit=1)

当我运行代码时，我收到以下语法错误:

df = df.drop(["Sample", "percent", "Reads"], axis=1)
 ^
SyntaxError: invalid syntax

当我尝试在没有上述行的情况下运行代码时，语法错误出现在另一行且以前也可以正常运行的行上，因此我确实认为问题与新行有关。

这是完整的代码

import pandas as pd 
import glob

file_list = glob.glob("file paths here")
for f in file_list:
    df = []
    outFile = f.replace('Eukaryota_phylum','relative_abundance') 
    df = pd.read_csv(f, sep="\t", header=None)

    df.columns = ["Sample", "percent", "Reads", "Taxon_ID", "Phylum"]
    df["Sample"] = df["Sample"].str.split(".").str[1]
    df["Phylum"] = df["Phylum"].str.replace("Eukaryota;"," ")
    df["Phylum"] = df["Phylum"].str.replace(";", " ")

    df["Reads"] = df["Reads"].astype(float)
    df["Percent_Reads"] = 100*df["Reads"]/df["Reads"].sum()

    df = df.rename(columns={"Percent_Reads": "Percent_Reads_"+str(df["Sample"])
    df = df.drop(["Sample", "percent", "Reads"], axis=1)

    with open(outFile, "w") as f_out:
        df.to_csv(f_out, sep="\t", index=None, header=True)

Answer 1

在df = df.drop(["Sample", "percent", "Reads"], axis=1)上方的行中，您缺少结尾的}和)。

尝试:

df = df.rename(columns={"Percent_Reads": "Percent_Reads_"+str(df["Sample"])})