r - 使用R指定row.name来打开CSV文件时出错

Question

我有一个大df(CSV格式)，看起来像:

miRNAs <- c('mmu_mir-1-3p','mmu_mir-1-5p','mmu-mir-6-5p','mmu-mir-6-3p')
cca <- c('12854','5489','54485','2563')
ccb <- c('124','589','5465','25893')
taa <- c('12854','589','5645','763')
df <- data.frame(miRNAs,cca,ccb,taa)

我想在DESeq2分析中使用此df。我通过使用unique(df)使此df唯一，并尝试使用countData <- as.matrix(read.csv(file="df.csv", row.name="miRNAs", sep = ","))打开，但它给出了此错误

Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : duplicate 'row.names' are not allowed

自从我制作了df unique以来，我不知道为什么这个错误不断 pop 。基本上，我想以这种方式读取df的原因是，当我键入(except the first column)时，我想获取列标题colnames(df)的列表。因为我需要执行FALSE TRUE测试，以查看是否匹配，这些匹配是否与另一个名为phenotype.csv all(rownames(phenotype) == colnames(countData))的文件的行名匹配

Answer 1

在row.name="miRNAs"参数中，您不是在访问相应的列，而是在使用长度为一个的字符 vector 。然后将其回收，这就是您得到错误的原因。导入时不使用row.names参数，并且如果您确实希望将该变量用作行名而不是​​列，请在导入后执行此操作:

df <- data.frame(
  miRNAs = c('mmu_mir-1-3p','mmu_mir-1-5p','mmu-mir-6-5p','mmu-mir-6-3p'),
  cca = c('12854','5489','54485','2563'),
  ccb = c('124','589','5465','25893'),
  taa = c('12854','589','5645','763')
  )

rownames(df) <- df$miRNAs
df$miRNAs <- NULL
df
#>                cca   ccb   taa
#> mmu_mir-1-3p 12854   124 12854
#> mmu_mir-1-5p  5489   589   589
#> mmu-mir-6-5p 54485  5465  5645
#> mmu-mir-6-3p  2563 25893   763

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