r - Docker，Jenkins和rJava

Question

我正在运行的Jenkins作业的一部分需要安装rJava； Jenkins作业正在我可以控制的docker镜像上运行，但仍然似乎无法安装rJava。

环顾四周，seems like确保运行R CMD javareconf是所有这一切的关键，确实，我在自己的&& R CMD javareconf中添加了Dockerfile作为最后一个命令。 Docker镜像的编译包含:

Java interpreter : /docker-java-home/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_171
Java home path   : /docker-java-home
Java compiler    : /docker-java-home/bin/javac
Java headers gen.: /docker-java-home/bin/javah
Java archive tool: /docker-java-home/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/docker-java-home/include -I/docker-java-home/include/linux     -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/docker-java-home/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR


JAVA_HOME        : /docker-java-home
Java library path: $(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

现在，当我进入Docker实例(docker exec -it jenkins_img bash)时，实际上我可以手动安装rJava:install.packages('rJava')可以按预期工作；重要的是，这是该输出的一部分:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/docker-java-home/jre/bin/java'
archiver    : '/docker-java-home/bin/jar'
compiler    : '/docker-java-home/bin/javac'
header prep.: '/docker-java-home/bin/javah'
cpp flags   : '-I/docker-java-home/include -I/docker-java-home/include/linux'
java libs   : '-L/docker-java-home/jre/lib/amd64/server -ljvm'

但是，当我运行Jenkins工作中的脚本时，相应的输出将变为:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java'
archiver    : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/jar'
compiler    : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/javac'
header prep.: '/usr/lib/jvm/default-java/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/default-java/include -I/usr/lib/jvm/default-java/include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/default-java/jre/lib/amd64/server -ljvm'
checking whether Java run-time works... ./configure: line 3747: /usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java: No such file or directory
no
configure: error: Java interpreter '/usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java' does not work

因此，当我docker exec到bash的JAVA_HOME与在我的Jenkins作业下运行的进程不同时，似乎正在运行的任何进程。为此，我在脚本(as suggested)中安装rJava的行之前直接添加了以下内容:

export JAVA_HOME=/docker-java-home/
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
Rscript -e 'install.packages("rJava")'

但是，这将以相同的输出失败。我还通过install.packages，JAVA_HOME并确认它是cat来检查运行Sys.getenv('JAVA_HOME')的R进程是否具有相同的/docker-java-home/。

Jenkins脚本没有 super 用户访问权限，因此我无法在其中运行R CMD javareconf。

如何获得install.packages('rJava')以使用正确的JAVA_HOME？

Answer 1

FWIW，这些天，我在Docker镜像中使用以下内容的一些变体来获取rJava来正确构建:

# rJava
RUN apt-get update && apt-get install -y libudunits2-dev gnupg2 software-properties-common
RUN echo "deb http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu trusty main" \
      | tee /etc/apt/sources.list.d/webupd8team-java.list \
    &&  echo "deb-src http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu trusty main" \
      | tee -a /etc/apt/sources.list.d/webupd8team-java.list \
    && apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys EEA14886 \
    && echo "oracle-java8-installer shared/accepted-oracle-license-v1-1 select true" \
        | /usr/bin/debconf-set-selections \
    && apt-get update \
    && apt-get install -y oracle-java8-installer \
    && update-alternatives --display java \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/* \
    && apt-get clean \
    && R CMD javareconf

这并不是我自己的工作，我基本上是从@daroczig那里得到的:

https://github.com/rocker-org/rocker/issues/109

https://hub.docker.com/r/cardcorp/r-java/dockerfile/