我正在尝试使用一些 conda 环境创建一个 docker 容器。当我以交互模式运行容器时
conda update --all
conda env create -f env.yml
运行没有问题。但是,每当我尝试使用收到的 Docker 文件执行这些命令时
/bin/sh: 1: conda: command not foud
Docker 文件如下所示:
FROM ubuntu:latest
RUN apt-get update && \
apt-get install unzip && \
mkdir /install && \
apt-get install nano
COPY Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh env.yml /install/
WORKDIR /install
RUN bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh -b && \
echo "export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"" >> ~/.bashrc && \
/bin/bash -c "source ~/.bashrc"
RUN conda update --all
RUN conda env create -f env.yml
因此,似乎正在使用 sh 而不是 bash,因此我将 Dockerfile 编辑为以下内容:
FROM ubuntu:latest
RUN apt-get update && \
apt-get install unzip && \
mkdir /install && \
apt-get install nano
COPY Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh env.yml /install/
WORKDIR /install
RUN bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh -b && \
echo "export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"" >> ~/.bashrc && \
/bin/bash -c "source ~/.bashrc"
RUN /bin/bash -c "conda update --all"
出现以下错误
/bin/bash: conda: command not found
最佳答案
您必须在构建期间使用 ENV
将 anaconda 添加到 PATH在 Dockerfile 中执行 anaconda 之前的变量。
RUN bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh -b && \
echo "export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"" >> ~/.bashrc && \
/bin/bash -c "source ~/.bashrc"
ENV PATH /root/anaconda3/bin:$PATH
RUN conda update --all
当使用
docker run
运行时,更新 .bashrc 中的 PATH 将使在容器内调用 conda 成为可能。 ,但不在其他 RUN
docker 文件中的语句。
关于docker - 在 dockerfile 中运行 conda update 的问题,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/57292146/