python - 获取像素级蒙版和 WSI 补丁之间的区域

Question

所以基本上我有一个看起来像这样的 WSI(整个幻灯片图像):



我有一个 png 面具，看起来像这样:



以及它在 WSI 上的位置(x:1098，y:2116，宽度:167，高度:378)

现在我想要做的是获取 WSI，从 WSI 中创建尺寸为 96x96 的补丁，对于每个补丁，我想检查掩码文件下的白色区域是否存在于至少 2/3 的创建修补。
例如，这是我创建补丁的伪代码:

self.crop_size = 96
is_fit = False
while True:
    patch_x = 0
    while True:
        patches.append((patch_x, patch_y, self.crop_size, self.crop_size, is_fit))
        if patch_x + self.crop_size > width:
            patch_x = width - self.crop_size
            patches.append((patch_x, patch_y, self.crop_size, self.crop_size, is_fit))
            break
        else:
            patch_x += self.crop_size
    if patch_y + self.crop_size > height:
        patch_y = height - self.crop_size
        patches.append((patch_x, patch_y, self.crop_size, self.crop_size, is_fit))
        break
    else:
        patch_y += self.crop_size

现在对于每个补丁(我认为我在 patches.append() 中插入的元组补丁)我希望能够设置 True至is_fit如果至少 2/3 的蒙版白色区域存在于补丁中。
请注意，在这里我有权从代码中打开掩码文件，但不能从 WSI 中打开，因为它会占用太多内存。
有任何想法吗？
谢谢你。

Answer 1

您可以应用以下算法:

对于每个补丁(x, y, width, height)在 WSI 中，计算其相对于掩码位置的坐标:(x2, y2, width2, height2) .这里有一些计算要使用 min和 max但没有什么是不可能的。

对于每个补丁，计算比率 cv2.countNonZero(mask[y2:y2+height2, x2:x2 + width2]) / (self.crop_size * self.crop_size) .如果这个比率高于 2/3，那么你可以将你的补丁设置为 isFit = True .

为了得到补丁在掩码中的位置，我们假设掩码是一个坐标为(x_m, y_m, width_m, height_m)的矩形。在 WSI。
然后是补丁(x, y, width, height)掩码中将具有以下坐标:

x2 = max(x - x_m, 0)此值可以高于 width_m在这种情况下，您将忽略补丁，因为它完全位于 mask 之外。

y2 = max(y - y_m, 0)此值可以高于 height_m在这种情况下，您将忽略补丁，因为它完全位于 mask 之外。

width2 = min(self.crop_size, width_m - x2)

height2 = min(self.crop_size, height_m - y2)