r - 在 R 的命名空间中导入有什么好处？

Question

R 的命名空间机制允许用户导出 函数，然后这些函数对用户可见。此外，它还允许从其他包中导入 函数。尽管导出的好处显而易见，但我在理解进口的好处时遇到更多问题。

一个好处似乎是，可以在不附加包的情况下使用其他包中的函数，从而节省内存。这在 1.6.4 in the writing R extensions manual 节中有举例说明。 .

但是，导入函数肯定还有其他好处。特别是，section 1.6.6 (that deals with S4 classes)显示 stats4 包的 namespace:

 export(mle)
 importFrom("graphics", plot)
 importFrom("stats", optim, qchisq)
 ## For these, we define methods or (AIC, BIC, nobs) an implicit generic:
 importFrom("stats", AIC, BIC, coef, confint, logLik, nobs, profile,
            update, vcov)
 exportClasses(mle, profile.mle, summary.mle)
 ## All methods for imported generics:
 exportMethods(coef, confint, logLik, plot, profile, summary, show, update, vcov)
 ## implicit generics which do not have any methods here
 export(AIC, BIC, nobs)

这里有导入的函数，它们既不是 S4 类也不是泛型(使用 import 也是有意义的，如 that section 中的示例中所述)，但是像 plot 这样的函数来自R 启动时自动加载的 graphics 包。

因此我的问题是，导入plot、optim 或qchisq 等函数有什么好处？

Answer 1

如果函数 foo 是从包 Bar 导入的，那么无论用户对其搜索路径做了什么，它都会被找到，例如，通过附加一个也有函数 foo 的包 Baz 。如果没有 namespace ，包代码会突然发现自己使用 Baz::foo。还有效率问题(foo 是立即找到的，而不是在搜索路径上的所有符号之后找到的)，但这些对于大多数应用程序来说可能是微不足道的。同样，importFrom 是对 import 的改进，因为它更少的冲突(或使用非预期的函数)和更有效的查找。

对于 S4(和 S3)，事情会变得相当复杂。像 graphics::plot 这样的非泛型函数可以在两个不同的包中提升为泛型(使用 setGeneric)，并且每个泛型都可以附加自己的一组方法.包作者将希望准确了解哪些 plot 泛型，以及哪些方法分派(dispatch)表、它们的类和方法可见。

使用 pkg::foo 调用函数总是解析为预期的函数。它要求将 pkg 列在描述文件的 Depends: 字段中(可能在 Imports: 中，但不从 pkg 导入似乎是误导性广告)，污染了用户的搜索路径。它还涉及两次符号查找和一次函数调用 (::)，因此效率较低。我的懒惰和缺乏对细节的关注也认为 :: 的使用是乏味且容易出错的。

包裹codetoolsBioC (通过带有用户名和密码的 svn readonly)可以从现有的包生成一个 NAMESPACE 文件(或者至少它可以在最近对 R-devel 的更改之前在没有一个的包上引入 NAMESPACE 之前；我没有在这样的包上尝试过 codetoolsBioC)。