perl - 对于 Seq 对象数组，是否存在相当于 IO::ScalarArray 的 Bioperl？

Question

在 Perl 中，我们有 IO::ScalarArray 用于将数组的元素视为文件的行。在 BioPerl 中，我们有 Bio::SeqIO ，它可以产生一个读写Bio::Seq的文件句柄对象而不是表示文本行的字符串。我想将两者结合起来:我想获得一个读取连续 Bio::Seq 的句柄对象数组中的对象。有没有办法做到这一点？实现一个模块对我来说是微不足道的吗？

我想要这个的原因是我希望能够编写一个接受 Bio::SeqIO 的子程序。句柄或 Bio::Seq 的数组对象，我想避免根据我得到的输入类型编写单独的循环。也许以下会比编写我自己的 IO 模块更好？

sub process_sequences {
    my $input = $_[0];

    # read either from array of Bio::Seq or from Bio::SeqIO
    my $nextseq;
    if (ref $input eq 'ARRAY') {
        my $pos = 0
        $nextseq = sub { return $input->[$pos++] if $pos < @$input}; }
    }
    else {
        $nextseq = sub { $input->getline(); }
    }

    while (my $seq = $nextseq->()) {
        do_cool_stuff_with($seq)
    }
}

Answer 1

您的解决方案看起来应该可以工作。除非你真的想花很多时间解决这个问题，否则就一直坚持下去，直到你不再喜欢它为止。我可能会这样写以避免多次键入变量名:

my $nextseq = do {
     if (ref $input eq ref [] ) {
         my $pos = 0;  #maybe a state variable if you have Perl 5.10
         sub { return $input->[$pos++] if $pos < @$input} }
         }
     else {
         sub { $input->getline() }
     }
 }

不过，如果您对迭代器感兴趣，请查看 Mark Jason Dominus 的 Higher Order Perl ，在那里他谈到了做这些事情的各种方法。