当我尝试编译任何代码时,我收到以下错误消息。下面是一个示例和 sessionInfo()
的输出。该示例曾经有效,但我在使用 RcppArmadillo
时遇到了问题。所以我安装了 for HPC 版本的 gfortran
编译器,这是一个错误。当我尝试编译某些东西时,R 崩溃了(CRAN 还警告 HPC 版本)。最后我安装了CRAN上的版本here但现在对 cppFunction
或 sourceCpp
的任何调用都会产生以下错误。我已经尝试卸载 gfortran、R、Rcpp 并重新安装它们。同样的错误。 gfortran -v
的输出有点困惑。有什么想法吗?
示例代码
require("Rcpp")
cppFunction('
int add(int x, int y, int z) {
int sum = x + y + z;
return sum;
}'
)
错误信息
Error in dyn.load(context$dynlibPath) :
unable to load shared object '/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so':
dlopen(/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so, 6): Symbol not found: ___emutls_get_address
Referenced from: /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
Expected in: /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib
in /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
session 信息的输出
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] Rcpp_0.10.1 boot_1.3-7 xtable_1.7-0 stringr_0.6.1
[5] mi_0.09-18 arm_1.5-08 abind_1.4-0 R2WinBUGS_2.1-18
[9] coda_0.14-7 lme4_0.999999-0 Matrix_1.0-9 lattice_0.20-10
[13] car_2.0-15 nnet_7.3-5 MASS_7.3-22 plyr_1.7.1
[17] foreign_0.8-51
loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.15.2 nlme_3.1-105 stats4_2.15.2 tools_2.15.2
编译器版本
> gcc -v
gcc version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2336.11.00)
> gfortran -v
Using built-in specs.
Target: i686-apple-darwin8
Configured with: /Builds/unix/gcc/gcc-4.2/configure --prefix=/usr/local --mandir=/share/man --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --build=i686-apple-darwin8 --host=i686-apple-darwin8 --target=i686-apple-darwin8 --enable-languages=fortran
Thread model: posix
gcc version 4.2.3
最佳答案
不知何故,我最终在 /usr/local/lib
中得到了一个 libstdc++.6.dylib
版本。当我使用 Rcpp 或内联编译某些代码并产生错误时,会选择此版本。它似乎覆盖了/usr/lib
中的系统版本。现在,我只是将 /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
重命名为 .../libstdc++.6-SAVE
。我不确定这是否会产生其他问题,但 Rcpp 再次运行并且 ?cfunction
示例也有效!
编辑:实际上还是搞砸了。以下是解决当前 R session 问题的步骤。 1) 以 /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
不变启动 R,2) 重命名 /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
,3 ) 愉快地使用 Rcpp
。然而,当我现在重新启动 R 时,我仍然收到旧的错误消息。我必须再次执行这三个步骤才能使其在当前 R session 中工作。
关于编译任何代码: `Error in dyn.load(context$dynlibPath): unable to load shared object ' . ..sourceCpp_96369.so时的Rcpp错误信息'`,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/13696286/