r - ggplot2: geom_smooth 选择观察连接(等同于 geom_path())

Question

我正在使用 ggplot2 创建海洋的垂直剖面。我的原始数据集创建了“尖峰”以形成平滑的曲线。我希望使用 geom_smooth()。我还希望这条线根据观察的顺序(而不是根据 x 轴)前进。当我使用 geom_path() 时，它适用于原始图，但不适用于生成的 geom_smooth()(见下图)。

melteddf = Storfjorden %>% melt(id.vars = "Depth")
ggplot(melteddf, aes(y = Depth, x = value)) + 
  facet_wrap(~ variable, nrow = 1, scales = "free_x") + 
  scale_y_reverse() +
  geom_smooth(span = 0.5,se = FALSE) + 
  geom_path()

那么有没有办法让平滑曲线按照观察的顺序而不是a轴进行呢？

我的数据子集:

head(Storfjorden)
      Depth Salinity Temperature Fluorescence
    1  0.72    34.14       3.738         0.01
    2  0.92    34.14       3.738         0.02
    3  1.10    34.13       3.739         0.03
    4  1.80    34.14       3.740         0.06
    5  2.80    34.13       3.739         0.02
    6  3.43    34.14       3.739         0.05

Answer 1

您提供的数据非常少，但我们可以让它发挥作用。

使用一些 tidyverse 包，我们可以为每个变量拟合单独的 loess 函数。

本质上，我们所做的是

1. 按变量(group_by)对我们的数据进行分组。
2. 使用 do 为每个组拟合黄土函数。
3. 使用 augment 从该黄土模型创建预测，在本例中为数据范围内的 1000 个值(针对该 变量)。

.

# Load the packages
library(dplyr)
library(broom)

lo <- melteddf %>% 
  group_by(variable) %>% 
  do(augment(
    loess(value ~ Depth, data = .), 
    newdata = data.frame(Depth = seq(min(.$Depth), max(.$Depth), l = 1000))
  ))

现在我们可以在新的 geom_path 调用中使用预测数据:

ggplot(melteddf, aes(y = Depth, x = value)) + 
  facet_wrap(~ variable, nrow = 1, scales = "free_x") + 
  scale_y_reverse() +
  geom_path(aes(col = 'raw')) +
  geom_path(data = lo, aes(x = .fitted, col = 'loess'))

(我将简单的字符向量映射到两条线的颜色以创建图例。)

结果: