cluster-computing - slurm 中的作业数组规范无效

Question

我正在提交一份 slurm 玩具阵列作业。我的命令行是

$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 -a 1-2 j1

其中 j1 是脚本:

#!/bin/bash
echo job id is $SLURM_JOB_ID
echo array job id is $SLURM_ARRAY_JOB_ID
echo task id id $SLURM_ARRAY_TASK_ID

当我提交这个时，我收到一个错误:

--> Verifying valid submit host (login1)...OK
--> Verifying valid jobname...OK
--> Enforcing max jobs per user...OK
--> Verifying availability of your home dir (/home1/03400/myname)...OK
--> Verifying availability of your work dir (/work/03400/myname)...OK
--> Verifying availability of your scratch dir (/scratch/03400/myname)...OK
--> Verifying valid ssh keys...OK
--> Verifying access to desired queue (development)...OK
--> Verifying job request is within current queue limits...OK
--> Checking available allocation (PRJ-1234)...OK
sbatch: error: Batch job submission failed: Invalid job array specification

没有数组规范，同样的工作也能正常工作:

$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 j1

Answer 1

您的数组规范的语法是正确的。但是您粘贴的打印输出不是标准的 Slurm，我猜您正在研究 Stampede；他们有自己的 sbatch 包装器。

您可以做的是使用 -vvv 的 sbatch 选项来准确查看 Slurm 看到的内容:

$ sbatch -vvv -p development -t 0:30:0 -n 1 -a 1-2 j1 |& grep array

这应该返回

sbatch: array             : 1-2

如果不是，则意味着信息不知何故丢失了。

您可以尝试从提交命令行中删除数组规范并将其插入到提交脚本中，如下所示:

$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 j1

j1 是

#!/bin/bash
#SBATCH -a 1-2
echo job id is $SLURM_JOB_ID
echo array job id is $SLURM_ARRAY_JOB_ID
echo task id id $SLURM_ARRAY_TASK_ID

下一步是联系系统管理员并提供您从运行上述测试中获得的信息并寻求帮助。