r - 列表中所有数据框中的R gsub列名称

Question

我有一个带有列名的数据帧列表，我想替换掉一些字符串，但是我做不到。

list:
[1]
cpg value.TCGA.06.5415.01A     value.TCGA.02.0003.01A   value.TCGA.16.1062.01A
cg02726808  0.934641544 NA  NA
cg04243127  0.8828403   NA  NA
[2]
cpg value.TCGA.QH.A6CV.01A  value.TCGA.E1.A7Z4.01A  value.TCGA.E1.5303.01A
 cg02726808 0.938556343 0.92163563  0.959269597
 cg04243127 0.886928811 0.842963126 0.937700666
[N]
.....

Desired output:
    list:           
[1]         
cpg 06.5415.01A 02.0003.01A 16.1062.01A
cg02726808  0.934641544 NA  NA
cg04243127  0.8828403   NA  NA
[2]         
cpg QH.A6CV.01A E1.A7Z4.01A E1.5303.01A
cg02726808  0.938556343 0.92163563  0.959269597
cg04243127  0.886928811 0.842963126 0.937700666
[N]         
.....

我试图写以下内容:

lapply(lst, function(x) { gsub("value.TCGA.", "", colnames(lst[[x]]))})

R Studio中的错误:

Error in llis1[[xy]] : invalid subscript type 'list'
Called from: is.data.frame(x)
Browse[1]> 

我不明白这是怎么回事。谢谢你的帮助。

Answer 1

我们可以使用setNames将列名替换为sub中的新列名。

lapply(lst, function(x) setNames(x, sub("value.TCGA.", "", names(x))))

如果'value.TCGA'，则另一个选项是substring。除第一个列名称外，所有列名称的位置均相同。

lapply(lst, function(x) setNames(x, c("cpg", substring(names(x)[-1], 12)))