在 r 中重新缩放调色板

Question

在 R 中，我有一堆数据大约为 0，一些数据大约为 1，我想“重新调整”我的热色以区分较低的数字。这必须以彩虹方式完成，我不想“离散颜色”。我尝试在 image.plot 中打断，但它不起作用。

  image.plot(X,Y,as.matrix(mymatrix),col=heat.colors(800),asp=1,scale="none")

我试过了:

lowerbreak=seq(min(values),quantile2,len=80)
  highbreak=seq(quantile2+0.0000000001,max(values),len=20)
  break=c(lowerbreak,highbreak)
  ii <- cut(values, breaks = break, 
            include.lowest = TRUE)

  colors <- colorRampPalette(c("lightblue", "blue"))(99)[ii]

Answer 1

这是一种使用“squash”库的方法。使用 makecmap()，您可以指定颜色值和中断，还可以使用 base 参数指定它应该被对数拉伸(stretch)。它有点复杂，但可以让您进行精细控制。我用它来为偏斜数据着色，我需要在“低端”进行更多定义。

为了实现彩虹调色板，我使用了内置的“jet”颜色功能，但您可以使用任何颜色集 - 我举了一个使用“colorRampPalette”创建灰度渐变的示例。

无论您使用什么斜坡，都需要使用 base 值来优化您的数据。

install.packages("squash")
library("squash")

#choose your colour thresholds - outliers will be RED
minval=0   #lowest value to get a colour
maxval=2.0 #highest value to get a colour
n.cols=100 #how many colours do you want in your palette?
col.int=1/n.cols

#create your palette
colramp=makecmap(x=seq(minval,maxval,col.int),
                 n=n.cols,
                 breaks=prettyLog,
                 symm=F,
                 base=10,#to give ramp a log(base) stretch
                 colFn=jet,
                 col.na="red",
                 right=F,
                 include.lowest=T)

# If you don't like the colFn options in "makecmap", define your own!
#   Here's an example in greyscale; pass this to "colFn" above
user.colfn=colorRampPalette(c("black","white"))

在绘图中使用 colramp 的示例(假设您已经在程序中的某处创建了 colramp):

varx=1:100
vary=1:100
plot(x,y,col=colramp$colors) #colors is the 2nd vector in the colramp list

要选择特定的颜色，通过例如颜色[1:20] 从列表中选择特定的颜色(如果您在上面的示例中尝试这样做，第一个颜色将重复 5 次 - 不是很有用，但您明白了逻辑并且可以玩玩)。

在我的例子中，我有一个值网格，我想将其转换为彩色光栅图像(即对一些连续数据进行颜色映射)。这是使用组成矩阵的示例代码:

#create a "dummy matrix"
matx=matrix(data=c(rep(2,50),rep(0,500),rep(0.5,500),rep(1,500),rep(1.5,500)),nrow=50,ncol=41,byrow=F)

#transpose the matrix
#  the output of "savemat" is rotated 90 degrees to the left
#  so savemat(maty) will be a colorized version of (matx)
maty=t(matx)

#savemat creates an image using colramp
savemat(x=maty,
    filename="/Users/KeeganSmith/Desktop/matx.png",
    map=colramp,
    outlier="red",
    dev="png",
    do.dev.off=T)