r - 在多个预测变量上循环 Cox 回归模型

Question

我需要为几个变量运行cox回归模型，所以我想写一个循环来实现它。 但它无论如何都行不通。 下面是我使用的代码

names(Gen) 
varlist <- names(hsb2)[8:11]  ## get the variables i want to involve in loop
models <- lapply(varlist, function(x) {
    coxph(substitute(Surv(Time, Status) ~ i, list(i = as.name(x))), data = Gen, ties="efron")
})

我得到的错误信息是

errors in terms.default(formula, special, data = data) : 
  no terms component nor attribute

有人知道如何解决这个问题或如何编写代码吗？

Answer 1

因为模型以有趣的方式评估他们的公式，所以您最好创建一个字符串并将其转换为公式使用reformulate，如 Is there a better alternative than string manipulation to programmatically build formulas? 而不是 substitute。 (reformulate 通常更可取，因为它测试输入的句法正确性，但在这种情况下它会破坏响应变量。)

创建这个临时函数:

tmpfun <- function(x) as.formula(paste("Surv(Time,Status)",x,sep="~"))

提供给 lapply 的函数体可以是:

coxph(tmpfun(x), data = Gen, ties="efron")

(您没有提供可重现的示例，但我认为这应该可行...)

为了额外的(但完全没有必要)酷，你可以尝试用两个单独的 lapply 调用替换整个 lapply 调用，一个是从变量中创建一个公式列表名称列表，以及一个从公式列表中列出拟合模型的列表。

formlist <- lapply(varlist,tmpfun)
models <- lapply(formlist,data=Gen,ties="efron")