r - 扩展 R S4 对象以具有新插槽并保持原始对象以相同方式工作

Question

我有一个“DESeqResults”类的 S4 对象。本质上，我希望能够向该对象添加新信息。理想情况下，我只想为其添加一些插槽，以便可以存储以下内容:

myDESet@new_slot = 5 

我开始认为我必须创建一个继承“DESeqResults”的子类，虽然我还不确定如何在 R 中做到这一点，但我更关心如何保留数据完整的原始对象。

本质上，一个库正在制作和使用这个“D ESeqResults”类对象，在它被创建并拥有一些数据之后，它将用于很多功能。在我创建其中之一之后，我只想向对象添加一些新信息。如果我创建一个扩展此类并具有额外插槽的类，我如何将所有现有数据从该类的原始实例传输到子类的新实例中？

实现我在这里尝试做的最好方法是什么？是否可以在实例化任何对象之前修改原始类，以便在创建它们时拥有我需要的额外插槽？还是有其他方法可以实现这一目标？

非常感谢!

Answer 1

通常的做法是定义父类的新子类:

setClass(
  "myDESRclass",
  contains="DESeqResults",
  slots=c(new_slot="numeric")
) -> myDESRclass

然后你可以使用 as将对象转换为您的类:

## x is some DESeqResults object
x <- as(x,"myDESRclass")
x@new_slot <- 5

在大多数情况下，您必须调用 setAs或类似但因为 DESeqResults 是父类(super class) as方法由 R 预定义，并按预期工作。

如果您不想采用这种方法，有两种选择，但它们不太安全:

1) 使用 S3 而不是 S4。听起来您并没有“拥有” DESeqResults 类，所以这可能很困难，但是 myDESet$new_slot <- 5不会出错。

2) 插槽是作为属性实现的，所以你可以用attr(myDESet,"new_slot") <- 5 设置一个.不过，这个修改过的对象仍然无法通过任何有效性检查，因此这可能非常不稳定。