rcpp - 了解 `Makevars` 以链接到 R 包中的外部 C 库

Question

我正在开发一个包，其中包含来自第三方库 (SUNDIALS) 的 C 代码。该包编译和工作(即，能够解决测试 ODE)与以下 Makevars 文件执行静态链接

CXX=clang++

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_LDFLAGS = /usr/local/lib
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) $(PKG_LDFLAGS)/libsundials_cvode.a $(PKG_LDFLAGS)/libsundials_nvecserial.a

但是，稍微修改过的版本(基于 R-Exts 中的示例，即 - Makevars(下方)的 PKG_LIBS = -L$(XML_DIR)/lib -lxml2) 失败

CXX=clang++

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_LDFLAGS = /usr/local/lib
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) -L$(PKG_LDFLAGS) -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -lm

失败并显示以下错误消息。

Error: package or namespace load failed for ‘Rcppsbmod’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so, 6): Library not loaded: libsundials_cvode.3.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod/libs/Rcppsbmod.so
  Reason: image not found
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/Rcppsbmod’

Exited with status 1.

当我将 PKG_LDFLAGS 指定为 /usr/local/lib 时，我不确定为什么它在另一个位置寻找库。

顺便说一句，SUNDIALS 包使用以下命令编译并运行的测试示例

gcc -Wall cvRoberts_dns.c -o cvRoberts_dns.exe -I/usr/local/include -L/usr/local/lib/ -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -lm

因此，我知道该库已正确安装并且正确的文件(用于链接)位于 /usr/local/lib 位置。

完整的包源代码可以在 - https://github.com/sn248/Rcppsbmod 找到

任何帮助或指导将不胜感激!

Answer 1

系统范围的动态链接，如您的第二个用例失败，需要您系统上动态链接器的合作。

这意味着在构建库并将其复制到 /usr/local/lib 之后，您通常必须运行 sudo ldconfig 来更新链接器缓存。

您可以通过 ldconfig -p 的输出来检查这些库是否已知。在我的系统上，没有日晷:

edd@rob:~$ ldconfig -p | grep sundials
edd@rob:~$ 

相关地，您可以(本地)通过在中声明它们来使用不同的目录 /etc/ld.so.conf.d/somefile.conf——但这当然不可移植，并且不会帮助您使用指定用于 CRAN 的包。

在您的第一个示例中，使用您构建的作为包的一部分的静态 库将起作用，因为它不需要 需要任何系统帮助。只是每次构建库需要更长的时间。