unix - 提取 fasta 文件中给定序列的序列头

Question

我有一个这样的 fasta 文件(myfasta.fasta):

>aat.2.2344.a
ATTGCCGGTTTAATATTA
>aat.2.d2344.acc
ATTGCCGGTTTAATAAA
>aat.2.2bb344.a
ATTGCCGGTTTAATAGGAGAGAATT
>aat.2.2ccc344.a
ATTGCCGGTTTAATAGGGAG
>aat.2.2344.acc
ATTGCCGGTTTAATAAA

我还有一个文本文件my.txt，其中包含与上面fasta文件中的序列匹配的序列:

ATTGCCGGTTTAATAAA

基于此序列，我想提取此序列的所有匹配 ID。有人可以帮我吗？谢谢!

我想要的结果是:

>aat.2.2344.acc
>aat.2.d2344.acc

Answer 1

使用 grep 和 sed:

grep --no-group-separator -B 1 "ATTGCCGGTTTAATAAA" my.txt | sed -n 1~2p
>aat.2.d2344.acc
>aat.2.2344.acc

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