sql - ODBC 连接，在 R 中获取一个表

Question

一整天都在与这个问题搏斗:

我想访问 Hadoop 上的数据(通过 Hive)。并安装了 ODBC 包。

我能够与服务器建立连接:

con <- dbConnect(odbc:: odbc(), "hadoop") 

我能够看到我想在 R 中获得的表格:

dblistTables(con, schema= "aacs") 

输出是:

   [1] "dev_1"                  "dev_2"     
   [3] "dev_3"                  "dev_4"

我想在我的 R 环境中有“dev_4”(在数据框中)。我试过:

db_orders <- tbl(con, "dev_4")

但是我收到一个错误:找不到表或 View 。下一行也没有任何结果。

db_orders <- tbl(con, "aacs.dev_4")

如何在我的 R 环境中获取该数据表？

编辑 1

试图运行接下来的两件事:

result <- dbSendQuery(con, "SELECT * FROM aacs.dev_4")

收到错误:设备上没有剩余空间。

好的，那么让我们减少查询:

result <- dbSendQuery(con, "SELECT * FROM aacs.dev_4 LIMIT 100")

但是，同样的错误:

Error: <SQL> 'SELECT * FROM aacs.dev_4 limit 100'
  nanodbc/nanodbc.cpp:1587: HY000: [Hortonworks][Hardy] (35) Error from server: error code: '2' error message: 'Error while processing statement: FAILED: Execution Error, return code 2 from org.apache.hadoop.hive.ql.exec.tez.TezTask. Vertex failed, vertexName=Reducer 2, vertexId=vertex_15177720341_0081_2_08, diagnostics=[Task failed, taskId=task_15177723341_0081_2_08_000146, diagnostics=[TaskAttempt 0 failed, info=[Error: FS Error in Child JVM:org.apache.hadoop.fs.FSError: java.io.IOException: No space left on device
    at org.apache.hadoop.fs.RawLocalFileSystem$LocalFSFileOutputStream.write(RawLocalFileSystem.java:261)
    at java.io.BufferedOutputStream.write(BufferedOutputStream.java:122)
    at org.apache.hadoop.fs.FSDataOutputStream$PositionCache.write(FSDataOutputStream.java:58)
    at java.io.DataOutputStream.write(DataOutputStream.java:107)
    at org.apache.tez.runtime.library.common.sort.impl.IFileOutputStream.write(IFil

任何人都知道如何解决这个问题？奇怪的是没有剩余内存..因为我有很多空间(足以存储数据!)。

编辑 2

正如@Florian 建议的那样:

data <- dbReadTable(con, "aacs.dev_4") 

导致了下一个错误:

Error: <SQL> 'SELECT * FROM `aacs.dev_4`'
  nanodbc/nanodbc.cpp:1587: HY000: [Hortonworks][Hardy] (35) Error from server: error code: '2' error message: 'Error while processing statement: FAILED: Execution Error, return code 2 from org.apache.hadoop.hive.ql.exec.tez.TezTask. Vertex failed, vertexName=Reducer 2, vertexId=vertex_1517772023341_0082_1_08, diagnostics=[Task failed, taskId=task_1517772023341_0082_1_08_000236, diagnostics=[TaskAttempt 0 failed, info=[Error: exceptionThrown=org.apache.tez.runtime.library.common.shuffle.orderedgrouped.Shuffle$ShuffleError: error in shuffle in fetcher {Map_4} #10
    at org.apache.tez.runtime.library.common.shuffle.orderedgrouped.Shuffle$RunShuffleCallable.callInternal(Shuffle.java:360)
    at org.apache.tez.runtime.library.common.shuffle.orderedgrouped.Shuffle$RunShuffleCallable.callInternal(Shuffle.java:337)
    at org.apache.tez.common.CallableWithNdc.call(CallableWithNdc.java:36)
    at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java

Answer 1

尝试

x <- dbReadTable(con, "dev_4")

完整的工作示例:

library(DBI)
library(RSQLite)

con <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), ":memory:")

dbListTables(con)
dbWriteTable(con, "mtcars", mtcars)
x <- dbReadTable(con, "mtcars")

希望这可以帮助!