我有一个主 Rmarkdown 文档,其中包含我使用 knitr
的各个章节的child
选项。每章使用rmarkdown parameters in its own YAML .
每章单独编译都很好,但是当放入这个主文档时,我得到了错误
object: 'params' not found
我相信这是因为当 child 被编织时,knitr 不会读取 YAML 中的参数(这是 rmarkdown 功能,而不是 knitr 功能)。
有什么方法可以让 knitr 使用它们吗?是否有“rmarkdown”方式来放入子文档?
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title: My thesis
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blah blah.
# Introduction
```{r child='01-introduction.rmd'}
```
# Mathematical background
```{r child='02-mathsy-maths.rmd'}
```
示例
01-introduction.rmd
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title: Introduction
params:
dataset: ABC
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最佳答案
据我了解knitr
,当您编织一个子文档时,该文档在父文档的上下文(即环境)中进行评估。
所以,我看到了 4 个解决方案。
在主文档中设置参数
使用此解决方案,参数在 YAML
中进行控制。主文档的front-matter。我认为这是自然的解决方案。
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title: My thesis
params:
dataset: ABC
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blah blah.
# Introduction
```{r child='01-introduction.rmd'}
```
# Mathematical background
```{r child='02-mathsy-maths.rmd'}
```
在全局环境中分配参数
使用此解决方案,参数由
R
控制主文档中的代码。---
title: My thesis
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blah blah.
# Introduction
```{r set-params, include=FALSE}
params <- list(dataset = "ABC")
```
```{r child='01-introduction.rmd'}
```
# Mathematical background
```{r child='02-mathsy-maths.rmd'}
```
检索子文档的参数
使用此解决方案,可以在每个子文档中控制参数。它是先前解决方案的变体。
在主文档中,使用
knitr::knit_params()
读取子文档的参数。然后在全局环境中赋值。---
title: My thesis
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blah blah.
```{r def-assign-params, include=FALSE}
assign_params <- function(file) {
text <- readLines(file)
knit_params <- knitr::knit_params(text)
params <<- purrr::map(knit_params, "value")
}
```
# Introduction
```{r, include=FALSE}
assign_params('01-introduction.rmd')
```
```{r child='01-introduction.rmd'}
```
# Mathematical background
```{r child='02-mathsy-maths.rmd'}
```
使用(hacky)钩子(Hook)临时分配参数
在这里,我为新的
use.params
定义了一个钩子(Hook)。 block 选项:此解决方案扩展了前一个解决方案。当use.params=TRUE
使用时,这个钩子(Hook)会针对子文档的每个 block 运行。请注意,使用此解决方案,您不能使用
params
在内联代码中。---
title: "Main document"
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```{r hook-def, include=FALSE}
params_cache <- new.env(parent = emptyenv())
knitr::knit_hooks$set(use.params = function(before, options, envir) {
if (before && options$use.params) {
if (exists("params", envir = envir)) {
params_cache$params <- envir$params
}
text <- readLines(knitr::current_input(dir = TRUE))
knit_params <- knitr::knit_params(text)
envir$params <- purrr::map(knit_params, "value")
}
if (!before && options$use.params) {
if (exists("params", envir = params_cache)) {
envir$params <- params_cache$params
rm("params", envir = params_cache)
} else {
rm("params", envir = envir)
}
}
})
```
blah blah.
# Introduction
```{r child='01-introduction.rmd', use.params=TRUE}
```
# Mathematical background
```{r child='02-mathsy-maths.rmd', use.params=TRUE}
```
关于Rmarkdown 子文档未检测到它们的 `params`,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/49475303/