r - 在 ShinyServer 中使用函数创建数据以提供 ggplot

Question

我有一个 Shiny 应用程序，它可以计算某种遗传关联研究的一些功效估计值。 ui.R 非常简单，server.R 有一个函数可以给出数据框(我想我不能把这个函数设为 reactive，因为它有一些参数)。

要点的链接是 here .运行它:

library(shiny)
shiny:: runGist('5895082')

该应用程序正确计算了估计值，但我对此有两个问题:

是否可以拥有 output$powTable实际上代表范围内包含的所有值，在第一个sliderInput(n.cases) ?.它似乎只代表范围的两个极端值......我做错了什么？

运行应用程序时出现错误:
Error: Reading objects from shinyoutput object not allowed.

如何从函数 f() 传递数据( react 性？)喂养ggplot？经过多次反复试验，我非常迷茫。我的代码中的错误在哪里？提前多谢!

该函数的原始代码运行良好:(已编辑)

 f <- function(ncases, p0, OR.cas.ctrl, Nh, sig.level) {
num.cases <- ncases
p0 <- p0
Nh <- Nh
OR.cas.ctrl <- OR.cas.ctrl
sig.level <- sig.level
# Parameters related to sig.level, from [Table 2] of Samuels et al.
# For 90% power and alpha = .05, Nscaled = 8.5
    if (sig.level == 0.05){
A <- -28 # Parameter A for alpha=.05
x0 <- 2.6 # Parameter x0 for alpha=.05
d <- 2.4 # Parameter d for alpha=.05
    }
    if (sig.level == 0.01){
A <- -13 # Parameter A for alpha=.01
x0 <- 5 # Parameter x0 for alpha=.01
d <- 2.5 # Parameter d for alpha=.01
    }
    if (sig.level == 0.001){
A <- -7 # Parameter A for alpha=.001
x0 <- 7.4 # Parameter x0 for alpha=.001
d <- 2.8 # Parameter d for alpha=.001
    }
    out.pow <- NULL # initialize vector
for(ncases in ncases){
    OR.ctrl.cas <- 1 / OR.cas.ctrl # 1. CALCULATE P1 FROM A PREDEFINED P0, AND A DESIRED OR
    OR <- OR.ctrl.cas
    bracket.pw <- p0 / (OR - OR*p0) # obtained after isolating p1 in OR equation [3].
    p1 <- bracket.pw / (1 + bracket.pw)
    Nh037 <- Nh^0.37 # 2. CALCULATE NSCALED
    num.n <- num.cases*((p1-p0)^2)
    den.n <- (p1*(1-p1) + p0*(1-p0))*Nh037
    Nscaled <- num.n/den.n
    num.power <- A - 100 # 3. CALCULATE POWER
    den.power <- 1 + exp((Nscaled - x0)/d)
    power <- 100 + (num.power/den.power) # The power I have to detect a given OR with my     data, at a given alpha
    }
OR <- OR.cas.ctrl
out.pow <- data.frame(num.cases, Nh, Nscaled, p0, OR, sig.level, power)
out.pow
} 

mydata <- f(ncases=seq(50,1000, by=50), 0.4, 2.25, 11, 0.05)
mydata

library(ggplot2)
print(ggplot(data = mydata, aes(num.cases, power)) +
theme_bw() +
theme(text=element_text(family="Helvetica", size=12)) +
labs(title = "Ad-hoc power for haplogroup") +
    scale_color_brewer(palette = "Dark2", guide = guide_legend(reverse=TRUE)) +
xlab("number of cases/controls") +
ylab("power") +
scale_x_log10() +
geom_line(alpha=0.8, size=0.2) +
geom_point(aes(shape = factor(OR)), colour="black"))

Answer 1

首先，您有n.cases我认为命名不一致。它是 n.cases有时，还有 ncases其他时间。这是一个错误吗？

不管怎样，output$mydata()是不正确的。这不是输出。它应该只是:

mydata <- reactive(f(input$n.cases,
  input$p0,
  input$OR.cas.ctrl,
  input$Nh,
  input$sig.level))

然后在 output$powHap() 中执行它时它应该是:

output$powHap <- renderPlot(
{
   print(ggplot(data = mydata(), aes(ncases, power)) + 
     theme_bw() + 
     theme(text=element_text(family="Helvetica", size=12)) + 
     labs(title = "Ad-hoc power for haplogroup") +
     scale_color_brewer(palette = "Dark2", guide = guide_legend(reverse=TRUE)) +
     xlab("number of cases/controls") +
     ylab("power") +
     scale_x_log10() +
     geom_line(alpha=0.8, size=0.2) +
     geom_point(aes(shape = factor(OR)), colour="black"))
})

重要的部分是您需要执行以下操作:

data = mydata()

而不是

data = output$mydata

因为 output$mydata是一个( react 性)函数。

我建议阅读 the documentation on how reactives work .之后整个事情应该更有意义。顺便说一下，对于一个非常可重复的示例，+1。这是所有问题都应该发布的方式。