我有一个从 C
源代码生成的共享库 libbcd.so
。
我还有一些接口(interface)代码Rinterface.h, Rinterface.cpp
,如下所示:
接口(interface).h:
#pragma once
#include <R.h>
#include <Rcpp.h>
extern "C" {
#include "bcd.h"
}
void call_bcd();
接口(interface).cpp
#include "Rinterface.h"
// [[Rcpp::export]]
void call_bcd() {
mm_problem* pr = mm_problem_alloc();
bcd_vars* vars = bcd_vars_alloc();
bcd(pr, vars);
}
其中 mm_problem_alloc()、bcd_vars_alloc()、bcd(mm_problem*, bcd_vars*)
都是来自 libbcd.so
和 mm_problem
的函数和 bcd_vars
是来自 libbcd.so
的用户定义类型。
我用 Rcpp.package.skeleton("bcd")
创建了一个包,将 Rinterface 文件放在 src
文件夹下,如下所示Makevars
PKG_CPPFLAGS=-I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/ -I/path/to/bcd/headers/
PKG_LIBS=-L/path/to/bcd/library/file -lbcd
- 我可以用
R CMD SHLIB Rinterface.cpp
创建接口(interface)库 - 我还可以使用
R CMD build 构建压缩包。
如果我在编译步骤后尝试使用 install.packages("/path/to/bcd_1.0.tar.gz", type = "source")
从源代码安装包,我尝试加载 libbcd.so
时出现错误:
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘bcd’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/home/gomfy/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/00LOCK-bcd/00new/bcd/libs/bcd.so':
libbcd.so: cannot open shared object file: No such file or directory
基于 this post在我看来,解决方法是将 libbcd.so
的 .c
源文件重命名为 .cpp
,然后将它们放在src
文件夹。这是正确的吗?
一般来说,利用 Rcpp 能够从 R
调用第三方共享库的推荐方法是什么?我发现了一个相关问题 here但它没有涉及构建包的细节。我看过Writing R extensions vignette("Rcpp-introduction")
, vignette("Rcpp-package")
但我不是无法得出明确的结论。所以,我很感激专家的帮助。谢谢!
最佳答案
简而言之,你不能。
系统级 共享库将由 ld.so
按需加载(在 Linux 上,在其他操作系统上类似,想法相同)。因此,如果您的包依赖于非标准或不常见的共享库,那就倒霉了。 这只有在 ld.so
知道它的情况下才能工作,而 R 包不能做到这一点。
您可以做的是将您的libbcd
与您的包 的源代码捆绑在一起,并将它们构建为一个静态库 链接到您的包裹。那可行。更简单的方法可能只是将 libbcd
的源文件放入包 src/
目录中——R 将处理其余部分。
关于c - 如何使用 Rcpp 创建依赖于共享库的 R 包?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/58808393/