r - 了解 ggplot2 中的带宽平滑

Question

真实数据 = https://www.dropbox.com/s/pc5tp2lfhafgaiy/realdata.txt

模拟 = https://www.dropbox.com/s/5ep95808xg7bon3/simulation.txt

使用带宽 = 1.5 的此数据的密度图为我提供了以下图:

prealdata = scan("realdata.txt")
simulation = scan("simulation.txt")
plot(density(log10(realdata), bw=1.5))
lines(density(log10(simulation), bw=1.5), lty=2)

但是使用 ggplot2 绘制相同的数据，带宽参数(调整)的工作方式似乎有所不同。为什么？

vec1 = data.frame(x=log10(realdata))
vec2 = data.frame(x=log10(simulation))
require(ggplot2)
ggplot() +
geom_density(aes(x=x, linetype="real data"), data=vec1, adjust=1.5) +
geom_density(aes(x=x, linetype="simulation"), data=vec2, adjust=1.5) +
scale_linetype_manual(name="data", values=c("real data"="solid", "simulation"="dashed"))

也非常欢迎有关如何更好地平滑这些数据的建议!

Answer 1

adjust=与 bw= 不一样.当你绘图时

plot(density(log10(realdata), bw=1.5))
lines(density(log10(simulation), bw=1.5), lty=2)

你得到与 ggplot 相同的东西



无论出于何种原因，ggplot不允许您指定 bw=范围。默认情况下，density用途 bw.nrd0()因此，当您使用基本图形为绘图更改此值时，您不能使用 ggplot 更改此值。 .但是get使用的是adjust*bw .所以既然我们知道如何计算默认值 bw ，我们可以重新计算adjust=给 use 相同的值。

#helper function
bw<-function(b, x) { b/bw.nrd0(x) }

require(ggplot2)
ggplot() +
geom_density(aes(x=x, linetype="real data"), data=vec1, adjust=bw(1.5, vec1$x)) +
geom_density(aes(x=x, linetype="simulation"), data=vec2, adjust=bw(1.5, vec2$x)) +
scale_linetype_manual(name="data", 
    values=c("real data"="solid", "simulation"="dashed"))

这导致



这与基本图形图相同。