r - R中的双聚类

Question

我想在 R 中的二进制矩阵上应用 byclustering。有一个名为“biclust”的不错的包可用，但它确实并没有显示我想要的所有内容。

我有一个二进制矩阵，如下所示:

1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0

我的目标是按如下方式进行双聚类(并显示)(可能是彩色的):

1 1 1 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0
0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0

设置代码:

# install.packages("biclust") (if necessary)
library("biclust")

testMatrix <- matrix(c(1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0),
                     nrow = 7,
                     ncol = 7,
                     byrow = TRUE)

我应用了“biclust”R包的biclust函数:

testCluster <- biclust(x = testMatrix, method=BCBimax())

事实上，我得到了预期的两个集群:

An object of class Biclust 
call:
biclust(x = testMatrix, method = BCBimax())
Number of Clusters found:  2 
First  2  Cluster sizes:
                      BC 1  BC 2
Number of Rows:       3     2
Number of Columns:    3     2

我可以通过以下方式分别显示集群:

drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

我可以通过以下方式显示整个集群矩阵(左上角的一个集群):

drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

到目前为止一切顺利，但我想要:

显示颜色切换。现在 1 是红色，0 是绿色。

我想查看原始矩阵的行和列。现在只显示了特定集群的行号和列号(使用 drawHeatMap)，并且在整个集群矩阵(drawHeatMap2)上没有显示行号和列号。

我想要一个有序的聚集矩阵。现在只有 drawHeatmap2 中指定的簇显示在左上角，但对于矩阵的其余部分，我还希望其他簇从左上角到右下角排列整齐。

这些更改是否可能(使用“biclust”包)？还是用 R 以另一种方式做更好？

Answer 1

更改 biclust 源包中的 drawHeatmap() 函数:

跟踪(“绘制热图”，编辑=真)

更改以下内容:
(a) 切换红色和绿色 - 在调用 rgb() 中切换 rvect 和 gvect
(b) 原始行名而不是​​新行 - 将 'labels=' 更改为 '=bicCols' 和 '=bicRows'。

打印 rownumbers: before axis about rows: cat(bicRows)。

将行号保存到文件 - 在关于行的轴之前: write(bicRows, file="FILENAME.txt")