python - snakemake 集群脚本 ImportError snakemake.utils

Question

我有一个奇怪的问题，它来来去去，我真的不知道什么时候以及为什么。
我正在运行这样的蛇形管道:

conda activate $myEnv    
snakemake -s $snakefile --configfile test.conf.yml --cluster "python $qsub_script" --latency-wait 60 --use-conda -p -j 10 --jobscript "$job_script"

我在 conda 环境中安装了 snakemake 5.9.1(也尝试降级到 5.5.4)。
如果我只运行这个命令，这工作正常，但是当我将此命令 qsub 到我正在使用的 PBS 集群时，我收到一个错误。我的 qsub 脚本如下所示:

#PBS stuff...

source ~/.bashrc
hostname
conda activate PGC_de_novo

cd $workDir
snakefile="..."
qsub_script="pbs_qsub_snakemake_wrapper.py"
job_script="..."
snakemake -s $snakefile --configfile test.conf.yml --cluster "python $qsub_script" --latency-wait 60 --use-conda -p -j 10 --jobscript "$job_script" >out 2>err

我得到的错误信息是:

...
Traceback (most recent call last):
  File "/path/to/pbs_qsub_snakemake_wrapper.py", line 6, in <module>
    from snakemake.utils import read_job_properties
ImportError: No module named snakemake.utils
Error submitting jobscript (exit code 1):
...

所以看起来由于某种原因我的集群脚本没有找到snakemake，尽管snakemake已经明确安装。正如我所说，这个问题不断出现。它会停留几个小时，然后因为现在明显的原因而消失。我想这表明环境问题，但我真的不知道是什么，并且没有想法。我试过了:

不同的 conda 版本

不同的蛇形版本

集群上的不同节点

ssh 到它刚刚失败的节点并尝试重现错误

但没什么。任何想法在哪里看？谢谢!

Answer 1

按照@Manavalan Gajapathy 的建议，我添加了 print(sys.version)对蛇文件和集群脚本的命令，并且在这两种情况下都得到了一个不同于激活环境 (3.7.5) 中指示的版本的 python 版本 (2.7.5)。
长话短说 - 出于某种原因，当我在 PBS 作业中激活环境时，环境路径仅在/usr/bin 之后添加到 $PATH，这导致/usr/bin/python 被使用(它确实没有snakemake包)。在本地激活env时，在$PATH的开头添加env路径，所以使用正确的python。
我仍然不理解这种行为，但至少我可以通过更改 #PATH 来解决它。我想这不是一个非常优雅的解决方案，但它对我有用。