perl - 将文件的所有单独段落放在单独的行中

Question

我有一个包含序列数据的文件，其中每个新段落(由两个空行分隔)包含一个新序列:

#example

ASDHJDJJDMFFMF
AKAKJSJSJSL---
SMSM-....SKSKK
....SK


SKJHDDSNLDJSCC
AK..SJSJSL--HG
AHSM---..SKSKK
-.-GHH

我想最终得到一个如下所示的文件:

ASDHJDJJDMFFMFAKAKJSJSJSL---SMSM-....SKSKK....SK
SKJHDDSNLDJSCCAK..SJSJSL--HGAHSM---..SKSKK-.-GHH

每个序列的长度相同(如果有帮助)。

我还希望对存储在不同目录中的多个文件执行此操作。

我刚试过

sed -e '/./{H;$!d;}' -e 'x;/regex/!d' ./text.txt

然而这只是删除了整个文件:S

任何帮助将不胜感激 - 不必在 sed 中，如果您知道如何在 perl 或其他东西中做到这一点，那也很棒。

谢谢。

Answer 1

您需要做的就是将每个字段由换行符分隔的空行分隔记录 (RS) 文件转换为每个字段都没有任何分隔 (OFS) 的换行分隔记录文件。只需设置适当的 awk 变量并重新编译记录:

$ awk '{$1=$1}1' RS= OFS= file
ASDHJDJJDMFFMFAKAKJSJSJSL---SMSM-....SKSKK....SK
SKJHDDSNLDJSCCAK..SJSJSL--HGAHSM---..SKSKK-.-GHH