r - 如何像箱线图一样在 R 中创建分类散点图？

Question

有谁知道如何在 R 中创建散点图创建像 these 这样的图在 PRISM 的图形面板中:



我尝试使用箱线图，但它们没有按照我想要的方式显示数据。 graphpad 可以生成的这些列散点图更适合我显示数据。

任何建议，将不胜感激。

Answer 1

正如@smillig 所提到的，您可以使用 ggplot2 来实现这一点。下面的代码很好地再现了您所追求的情节 - 警告它非常棘手。首先加载ggplot2包并生成一些数据:

library(ggplot2)
dd = data.frame(values=runif(21), type = c("Control", "Treated", "Treated + A"))

接下来更改默认主题:

theme_set(theme_bw())

现在我们构建情节。

构建一个基础对象 - 没有绘制任何内容:

g = ggplot(dd, aes(type, values))

添加点:调整默认抖动并根据类型更改字形:

g = g + geom_jitter(aes(pch=type), position=position_jitter(width=0.1))

添加“盒子”:计算盒子的结束位置。在这种情况下，我选择了平均值。如果您不想要盒子，只需 省略 这一步。

g = g + stat_summary(fun.y = function(i) mean(i), 
        geom="bar", fill="white", colour="black")

添加一些误差线:计算上限/下限并调整条宽:

g  = g + stat_summary(
        fun.ymax=function(i) mean(i) + qt(0.975, length(i))*sd(i)/length(i), 
        fun.ymin=function(i) mean(i) - qt(0.975, length(i)) *sd(i)/length(i),
        geom="errorbar", width=0.2)

显示绘图

g

在我上面的 R 代码中，我使用了 stat_summary即时计算所需的值。您还可以创建单独的数据框并使用 geom_errorbar和 geom_bar .

要使用基础 R，请查看我对此的回答 question .