apache-spark - 在 join 和 reduceByKey 中触发执行程序内存不足

标签 apache-spark out-of-memory executor executors

在 spark2.0 中，我有两个数据框，我需要先加入它们并执行 reduceByKey 来聚合数据。我总是在执行程序中遇到 OOM。提前致谢。

数据

d1(1G，5 亿行，缓存，按 col id2 分区)

id1 id2
1   1
1   3
1   4
2   0
2   7
...

d2(160G，200 万行，缓存，由 col id2 分区，值 col 包含 5000 个浮点数的列表)
id2   value
0     [0.1, 0.2, 0.0001, ...]
1     [0.001, 0.7, 0.0002, ...]
...

现在我需要加入两个表来获取 d3 并且我使用 spark.sql
select d1.id1, d2.value
FROM d1 JOIN d2 ON d1.id2 = d2.id2

然后我在 d3 上做一个 reduceByKey 并聚合表 d1 中每个 id1 的值
d4 = d3.rdd.reduceByKey(lambda x, y: numpy.add(x, y)) \
           .mapValues(lambda x: (x / numpy.linalg.norm(x, 1)).toList)\
           .toDF()

我估计d4的大小是340G。现在我在 r3.8xlarge 机器上使用来运行作业
mem: 244G
cpu: 64
Disk: 640G

问题

我玩了一些配置，但我总是在执行程序中遇到 OOM。所以，问题是
  • 是否可以在当前类型的机器上运行此作业？或者我应该使用更大的机器(多大？)。但我记得我看到文章/博客说用相对较小的机器进行 TB 级处理。
  • 我应该做什么样的改进？例如spark配置，代码优化？
  • 是否可以估计每个执行程序所需的内存量？

    • Spark 配置

    我试过的一些 Spark 配置

    配置1:
    --verbose
--conf spark.sql.shuffle.partitions=200
--conf spark.dynamicAllocation.enabled=false
--conf spark.driver.maxResultSize=24G
--conf spark.shuffle.blockTransferService=nio
--conf spark.serializer=org.apache.spark.serializer.KryoSerializer
--conf spark.kryoserializer.buffer.max=2000M
--conf spark.rpc.message.maxSize=800
--conf "spark.executor.extraJavaOptions=-verbose:gc -     XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps -XX:MetaspaceSize=100M"
--num-executors 4
--executor-memory 48G
--executor-cores 15
--driver-memory 24G
--driver-cores 3

    配置2:
    --verbose
--conf spark.sql.shuffle.partitions=10000
--conf spark.dynamicAllocation.enabled=false
--conf spark.driver.maxResultSize=24G
--conf spark.shuffle.blockTransferService=nio
--conf spark.serializer=org.apache.spark.serializer.KryoSerializer
--conf spark.kryoserializer.buffer.max=2000M
--conf spark.rpc.message.maxSize=800
--conf "spark.executor.extraJavaOptions=-verbose:gc -XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps -XX:MetaspaceSize=100M"
--num-executors 4
--executor-memory 48G
--executor-cores 15
--driver-memory 24G
--driver-cores 3

    配置3:
    --verbose
--conf spark.sql.shuffle.partitions=10000
--conf spark.dynamicAllocation.enabled=true
--conf spark.driver.maxResultSize=6G
--conf spark.shuffle.blockTransferService=nio
--conf spark.serializer=org.apache.spark.serializer.KryoSerializer
--conf spark.kryoserializer.buffer.max=2000M
--conf spark.rpc.message.maxSize=800
--conf "spark.executor.extraJavaOptions=-verbose:gc -XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps -XX:MetaspaceSize=100M"
--executor-memory 6G
--executor-cores 2
--driver-memory 6G
--driver-cores 3

    配置4:
    --verbose
--conf spark.sql.shuffle.partitions=20000
--conf spark.dynamicAllocation.enabled=false
--conf spark.driver.maxResultSize=6G
--conf spark.shuffle.blockTransferService=nio
--conf spark.serializer=org.apache.spark.serializer.KryoSerializer
--conf spark.kryoserializer.buffer.max=2000M
--conf spark.rpc.message.maxSize=800
--conf "spark.executor.extraJavaOptions=-verbose:gc -XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps -XX:MetaspaceSize=100M"
--num-executors 13
--executor-memory 15G
--executor-cores 5
--driver-memory 13G
--driver-cores 5

    错误

    来自执行程序的 OOM Error1
    ExecutorLostFailure (executor 14 exited caused by one of the running  tasks) Reason: Container killed by YARN for exceeding memory limits. 9.1 GB of 9 GB physical memory used. Consider boosting spark.yarn.executor.memoryOverhead.

Heap
PSYoungGen      total 1830400K, used 1401721K [0x0000000740000000,   0x00000007be900000, 0x00000007c0000000)
eden space 1588736K, 84% used [0x0000000740000000,0x0000000791e86980,0x00000007a0f80000)
from space 241664K, 24% used [0x00000007af600000,0x00000007b3057de8,0x00000007be200000)
to  space 236032K, 0% used [0x00000007a0f80000,0x00000007a0f80000,0x00000007af600000)
ParOldGen      total 4194304K, used 4075884K [0x0000000640000000, 0x0000000740000000, 0x0000000740000000)
object space 4194304K, 97% used [0x0000000640000000,0x0000000738c5b198,0x0000000740000000)
Metaspace      used 59721K, capacity 60782K, committed 61056K,  reserved 1101824K
class space    used 7421K, capacity 7742K, committed 7808K, reserved 1048576K

    来自执行程序的 OOM Error2
    ExecutorLostFailure (executor 7 exited caused by one of the running tasks) Reason: Container marked as failed: container_1477662810360_0002_01_000008 on host: ip-172-18-9-130.ec2.internal. Exit status: 52. Diagnostics: Exception from container-launch.

Heap
PSYoungGen      total 1968128K, used 1900544K [0x0000000740000000, 0x00000007c0000000, 0x00000007c0000000)
eden space 1900544K, 100% used [0x0000000740000000,0x00000007b4000000,0x00000007b4000000)
from space 67584K, 0% used [0x00000007b4000000,0x00000007b4000000,0x00000007b8200000)
to  space 103936K, 0% used [0x00000007b9a80000,0x00000007b9a80000,0x00000007c0000000)
ParOldGen      total 4194304K, used 4194183K [0x0000000640000000, 0x0000000740000000, 0x0000000740000000)
object space 4194304K, 99% used [0x0000000640000000,0x000000073ffe1f38,0x0000000740000000)
Metaspace      used 59001K, capacity 59492K, committed 61056K, reserved 1101824K
class space    used 7300K, capacity 7491K, committed 7808K, reserved 1048576K

    来自容器的错误
    16/10/28 14:33:21 ERROR CoarseGrainedExecutorBackend: RECEIVED SIGNAL TERM
16/10/28 14:33:26 ERROR Utils: Uncaught exception in thread stdout writer for python
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
    at org.apache.spark.sql.catalyst.expressions.UnsafeRow.copy(UnsafeRow.java:504)
    at org.apache.spark.sql.catalyst.expressions.GeneratedClass$GeneratedIterator.processNext(Unknown Source)
    at org.apache.spark.sql.execution.BufferedRowIterator.hasNext(BufferedRowIterator.java:43)
    at org.apache.spark.sql.execution.WholeStageCodegenExec$$anonfun$doExecute$3$$anon$2.hasNext(WholeStageCodegenExec.scala:386)
    at scala.collection.Iterator$$anon$11.hasNext(Iterator.scala:408)
    at org.apache.spark.api.python.SerDeUtil$AutoBatchedPickler.next(SerDeUtil.scala:120)
    at org.apache.spark.api.python.SerDeUtil$AutoBatchedPickler.next(SerDeUtil.scala:112)
    at scala.collection.Iterator$class.foreach(Iterator.scala:893)
    at org.apache.spark.api.python.SerDeUtil$AutoBatchedPickler.foreach(SerDeUtil.scala:112)
    at org.apache.spark.api.python.PythonRDD$.writeIteratorToStream(PythonRDD.scala:504)
    at org.apache.spark.api.python.PythonRunner$WriterThread$$anonfun$run$3.apply(PythonRDD.scala:328)
    at org.apache.spark.util.Utils$.logUncaughtExceptions(Utils.scala:1877)
    at org.apache.spark.api.python.PythonRunner$WriterThread.run(PythonRDD.scala:269)
16/10/28 14:33:36 ERROR Utils: Uncaught exception in thread driver-heartbeater
16/10/28 14:33:26 ERROR Utils: Uncaught exception in thread stdout writer for python
java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded
    at java.lang.Double.valueOf(Double.java:519)
    at org.apache.spark.sql.catalyst.expressions.UnsafeArrayData.get(UnsafeArrayData.java:138)
    at org.apache.spark.sql.catalyst.util.ArrayData.foreach(ArrayData.scala:135)
    at org.apache.spark.sql.execution.python.EvaluatePython$.toJava(EvaluatePython.scala:64)
    at org.apache.spark.sql.execution.python.EvaluatePython$.toJava(EvaluatePython.scala:57)
    at org.apache.spark.sql.Dataset$$anonfun$55.apply(Dataset.scala:2517)
    at org.apache.spark.sql.Dataset$$anonfun$55.apply(Dataset.scala:2517)
    at scala.collection.Iterator$$anon$11.next(Iterator.scala:409)
    at org.apache.spark.api.python.SerDeUtil$AutoBatchedPickler.next(SerDeUtil.scala:121)
    at org.apache.spark.api.python.SerDeUtil$AutoBatchedPickler.next(SerDeUtil.scala:112)
    at scala.collection.Iterator$class.foreach(Iterator.scala:893)
    at org.apache.spark.api.python.SerDeUtil$AutoBatchedPickler.foreach(SerDeUtil.scala:112)
    at org.apache.spark.api.python.PythonRDD$.writeIteratorToStream(PythonRDD.scala:504)
    at org.apache.spark.api.python.PythonRunner$WriterThread$$anonfun$run$3.apply(PythonRDD.scala:328)
    at org.apache.spark.util.Utils$.logUncaughtExceptions(Utils.scala:1877)
    at org.apache.spark.api.python.PythonRunner$WriterThread.run(PythonRDD.scala:269)
16/10/28 14:33:43 ERROR SparkUncaughtExceptionHandler: [Container in shutdown] Uncaught exception in thread Thread[stdout writer for python,5,main]

    更新 1

    如果我按 id2 分区，看起来数据 d1 非常倾斜。这样一来，join就会造成OOM。如果 d1 像我之前想的那样均匀分布，上面的配置应该可以工作。

    更新 2

    我发布了我解决问题的尝试，以防有人也遇到类似的问题。

    尝试 1

    我的问题是，如果我按 id2 对 d1 进行分区，那么数据就会非常倾斜。因此，存在一些包含几乎所有 id1 的分区。因此，用d2 JOIN 会导致OOM 错误。为了缓解这样的问题，我首先确定一个子集 s来自 id2，如果按 id2 分区，这可能会导致这种偏斜的数据。然后我从 d2 创建一个 d5 只包括 s和来自 d2 的 d6 不包括 s .幸运的是，d5 的大小并不太大。所以，我可以用 d5 广播 join d1。然后我加入 d1 和 d6。然后，我联合这两个结果并执行 reduceByKey。我非常接近解决问题。我没有继续这种方式，因为我的 d1 以后可能会变得更大。换句话说，这种方法对我来说并没有真正的可扩展性

    尝试 2

    幸运的是，在我的情况下，d2 中的大多数值都非常小。根据我的应用程序，我可以安全地删除小值并将向量转换为 sparseVector 以显着减小 d2 的大小。执行此操作后，我按 id1 对 d1 进行分区并广播加入 d2(删除小值后)。当然，必须增加驱动程序内存以允许相对较大的广播变量。这对我有用，也适用于我的应用程序。

    最佳答案

    可以尝试以下方法:将执行程序的大小减少一点。您目前拥有:

    --executor-memory 48G
--executor-cores 15

    试一试:
    --executor-memory 16G
--executor-cores 5

    由于各种原因，较小的执行器大小似乎是最佳的。其中之一是 java 堆大小大于 32G 会导致对象引用从 4 个字节变为 8 个字节，并且所有内存需求都会爆炸。

    编辑:问题实际上可能是 d4 分区太大(尽管其他建议仍然适用!)。您可以通过将 d3 重新分区为更多分区(大约 d1 * 4)或将其传递给 numPartitions 来解决此问题。 reduceByKey 的可选参数.这两个选项都会触发 shuffle，但这总比崩溃好。

    关于apache-spark - 在 join 和 reduceByKey 中触发执行程序内存不足，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/40309192/

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