R:将矩阵重新排列为三列

Question

我在 R 中有一个矩阵。每个条目 i , j是一个分数，rownames 和 colnames 是 ids。

我只想要一个 3 列矩阵，而不是矩阵:i , j , score
现在我正在使用嵌套的 for 循环。喜欢:

for(i in rownames(g))
    {
        print(which(rownames(g)==i))
        for(j in colnames(g))
        {
            cur.vector<-c(cur.ref, i, j, g[rownames(g) %in% i,colnames(g) %in% j])
            rbind(new.file,cur.vector)->new.file
        }

    }

但我认为那是非常低效的……我确信有更好的方法，我只是对 R 还不够好。
想法？

Answer 1

如果我理解正确，您需要展平矩阵。
您可以使用 as.vector和 rep添加 id 列，例如:

m = cbind(c(1,2,3),c(4,5,6),c(7,8,9))
row.names(m) = c('R1','R2','R3')
colnames(m) = c('C1','C2','C3')

d <- data.frame(i=rep(row.names(m),ncol(m)),
                j=rep(colnames(m),each=nrow(m)),
                score=as.vector(m))

结果:

> m
   C1 C2 C3
R1  1  4  7
R2  2  5  8
R3  3  6  9

> d
   i  j score
1 R1 C1     1
2 R2 C1     2
3 R3 C1     3
4 R1 C2     4
5 R2 C2     5
6 R3 C2     6
7 R1 C3     7
8 R2 C3     8
9 R3 C3     9

请注意，此代码将矩阵转换为 data.frame ，因为行和列名称可以是字符串，并且您不能拥有具有不同列类型的矩阵。
如果您确定所有行和列名称都是数字，则可以将其强制转换为矩阵。