r - R中成对距离列表的距离矩阵

Question

如果我的输入文件是距离矩阵，是否有任何 R 包来获取成对距离列表
例如，如果我的输入是这样的 data.frame:

        A1      B1      C1      D1
 A1     0      0.85    0.45    0.96 
 B1            0       0.85    0.56
 C1                    0       0.45
 D1                            0

我希望输出为:

A1  B1  0.85
A1  C1  0.45
A1  D1  0.96
B1  C1  0.85
B1  D1  0.56
C1  D1  0.45

我发现了一个使用“reshape”包执行相反功能的问题，但无法对其进行调整以获得我想要的。

Answer 1

其他几个选项:

生成一些数据

D <- dist(cbind(runif(4), runif(4)), diag=TRUE, upper=TRUE) # generate dummy data
m <- as.matrix(D) # coerce dist object to a matrix
dimnames(m) <- dimnames(m) <- list(LETTERS[1:4], LETTERS[1:4]) 

假设您只想要距离矩阵的上三角形定义的对的距离，您可以执行以下操作:

xy <- t(combn(colnames(m), 2))
data.frame(xy, dist=m[xy])

#  X1 X2      dist
# 1 A  B 0.3157942
# 2 A  C 0.5022090
# 3 A  D 0.3139995
# 4 B  C 0.1865181
# 5 B  D 0.6297772
# 6 C  D 0.8162084

或者，如果您想要所有对的距离(双向):

data.frame(col=colnames(m)[col(m)], row=rownames(m)[row(m)], dist=c(m))

#    col row      dist
# 1    A   A 0.0000000
# 2    A   B 0.3157942
# 3    A   C 0.5022090
# 4    A   D 0.3139995
# 5    B   A 0.3157942
# 6    B   B 0.0000000
# 7    B   C 0.1865181
# 8    B   D 0.6297772
# 9    C   A 0.5022090
# 10   C   B 0.1865181
# 11   C   C 0.0000000
# 12   C   D 0.8162084
# 13   D   A 0.3139995
# 14   D   B 0.6297772
# 15   D   C 0.8162084
# 16   D   D 0.0000000

或以下，不包括任何 NA距离，但不保留列/行名称(尽管这很容易纠正，因为我们有列/行索引):

data.frame(which(!is.na(m), arr.ind=TRUE, useNames=FALSE), dist=c(m))