r - 测试在 devtools::check 中失败但在 devtools::test 中有效

Question

有什么办法可以重现devtools::check使用的环境吗？ ?

我的测试遇到了问题 devtools::test()但在 devtools::check() 内失败.我现在的问题是，如何找到问题。 check的举报只打印错误日志的最后几行，我找不到完整的测试报告。

checking tests ... ERROR
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Last 13 lines of output:
...

我知道check与 test 相比使用不同的环境但我不知道我应该如何调试这些问题，因为它们根本无法重现。特别是几个月前运行的这些测试，所以不知道在哪里寻找问题。

编辑

实际上，我试图找到我的问题并找到了解决方案。但是要发布我的解决方案，我必须添加更多细节。

所以我的测试总是失败，因为我正在测试一个 Markdown 脚本，如果它运行没有错误，然后我检查了一些环境变量是否设置正确。这些是我用脚本计算的结果以及我设置的标准设置。因此，如果我在开发后忘记更改某些设置，我想收到警告...

无论如何，由于它是一个 Markdown 脚本，我不得不提取代码并且我使用了这篇文章中的评论knitr: run all chunks in an Rmarkdown document使用 knitr::purl获取代码和 sys.source执行它。

runAllChunks <- function(rmd, envir=globalenv()){
  # as found here https://stackoverflow.com/questions/24753969
  tempR <- tempfile(tmpdir = '.', fileext = ".R")
  on.exit(unlink(tempR))
  knitr::purl(rmd, output=tempR, quiet=TRUE)
  sys.source(tempR, envir=envir)
}

出于某种原因，这可能会在几周后产生错误(不确定我最近安装了哪些新软件包......)。但是由于有新评论，我可以使用 knitr::knit它也执行代码，这按预期工作，现在我的测试不再提示。

所以最后，我不知道问题到底出在哪里，但现在正在起作用。

Answer 1

这是一个 known issue与 testthat。解决方法是在 tests/testthat.R 的第一行添加以下内容:

Sys.setenv(R_TESTS="")