我已经编写了一个函数来运行系统发育广义最小二乘法,一切看起来都应该可以正常工作,但由于某种原因,脚本 (W) 中定义的特定变量不断出现未定义。我盯着这段代码看了好几个小时,想不出问题出在哪里。
有什么想法吗?
myou <- function(alpha, datax, datay, tree){
data.frame(datax[tree$tip.label,],datay[tree$tip.label,],row.names=tree$tip.label)->dat
colnames(dat)<-c("Trait1","Trait2")
W<-diag(vcv.phylo(tree)) # Weights
fm <- gls(Trait1 ~ Trait2, data=dat, correlation = corMartins(alpha, tree, fixed = TRUE),weights = ~ W,method = "REML")
return(as.numeric(fm$logLik))
}
corMartins2<-function(datax, datay, tree){
data.frame(datax[tree$tip.label,],datay[tree$tip.label,],row.names=tree$tip.label)->dat
colnames(dat)<-c("Trait1","Trait2")
result <- optimize(f = myou, interval = c(0, 4), datax=datax,datay=datay, tree = tree, maximum = TRUE)
W<-diag(vcv.phylo(tree)) # Weights
fm <- gls(Trait1 ~ Trait2, data = dat, correlation = corMartins(result$maximum, tree, fixed =T),weights = ~ W,method = "REML")
list(fm, result$maximum)}
#test
require(nlme)
require(phytools)
simtree<-rcoal(50)
as.data.frame(fastBM(simtree))->dat1
as.data.frame(fastBM(simtree))->dat2
corMartins2(dat1,dat2,tree=simtree)
返回“eval(expr, envir, enclos) 中的错误:未找到对象‘W’”
即使 W 是专门定义的!
谢谢!
最佳答案
错误发生在 myou
和 corMatrins2
的 gls
调用中:您必须传入 W
作为dat
中的一列,因为 gls
正在那里寻找它(当您将 weights = ~W
作为公式时,它会寻找 dat$W
却找不到它)。
只需将两个函数中的 data=dat
更改为 data=cbind(dat,W=W)
。
关于未找到 R 变量,但已明确定义,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/10628124/