所以我对此很陌生。我需要在以下数据矩阵上运行 PCoA。我能够使用 ADE4、labdsv、Ginko、Aabel 软件运行我的分析。困扰我的是如何对散点图中的标签进行颜色编码。我的矩阵是一个存在/不存在矩阵,顺序是:
SpecieName Value1 Value2
A1 0 1
A2 1 1
A3 1 1
B1 0 0
B2 0 1
E1 1 0
E2 0 0
我要的是代表
A1
, A2
, 和 A3
红色,B1
和 B2
在蓝色和所有 E
黑色的。任何帮助将不胜感激。
最佳答案
只需将表示这些组的因子传递给绘图命令:
data = read.table('data.txt', header=T)
data.pca = prcomp(data[,-1])
groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))
plot(data.pca$x, col=groups)
此外,如果您想设置特定颜色,您始终可以以相同的方式索引到自定义列表中:
cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)
关于r - 如何对 PCoA 的散点图进行颜色编码,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/8371795/