search - 使用awk通过文件中的ID从multifasta文件中提取序列

Question

我想从 multifasta 文件中提取与单独的 ID 列表给出的 ID 匹配的序列。

FASTA 文件 seq.fasta:

>7P58X:01332:11636
TTCAGCAAGCCGAGTCCTGCGTCGTTACTTCGCTT
CAAGTCCCTGTTCGGGCGCC
>7P58X:01334:11605
TTCAGCAAGCCGAGTCCTGCGTCGAGAGTTCAAGTC
CCTGTTCGGGCGCCACTGCTAG
>7P58X:01334:11613
ACGAGTGCGTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAC
>7P58X:01334:11635
TTCAGCAAGCCGAGTCCTGCGTCGAGAGATCGCTTT
CAAGTCCCTGTTCGGGCGCCACTGCGGGTCTGTGTC
GAGCG
>7P58X:01336:11621
ACGCTCGACACAGACCTTTAGTCAGTGTGGAAATCT
CTAGCAGTAGAGGAGATCTCCTCGACGCAGGACT

ID 文件 id.txt:

7P58X:01332:11636
7P58X:01334:11613

我想获取仅包含与 id.txt 文件中的 ID 匹配的序列的 fasta 文件:

>7P58X:01332:11636
TTCAGCAAGCCGAGTCCTGCGTCGTTACTTCGCTTT
CAAGTCCCTGTTCGGGCGCC
>7P58X:01334:11613
ACGAGTGCGTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAC

我真的很喜欢我在答案中找到的 awk 方法 here和 here ，但是那里给出的代码对于我给出的例子仍然不能完美地工作。原因如下:

(1)

awk -v seq="7P58X:01332:11636" -v RS='>' '$1 == seq {print RS $0}' seq.fasta

此代码适用于多行序列，但 ID 必须单独插入到代码中。

(2)

awk 'NR==FNR{n[">"$0];next} f{print f ORS $0;f=""} $0 in n{f=$0}' id.txt seq.fasta

此代码可以从 id.txt 文件中获取 ID，但仅返回多行序列的第一行。

我想最好的办法是修改代码 (2) 中的 RS 变量，但到目前为止我所有的尝试都失败了。请问有人可以帮我吗？

Answer 1

$ awk -F'>' 'NR==FNR{ids[$0]; next} NF>1{f=($2 in ids)} f' id.txt seq.fasta
>7P58X:01332:11636
TTCAGCAAGCCGAGTCCTGCGTCGTTACTTCGCTT
CAAGTCCCTGTTCGGGCGCC
>7P58X:01334:11613
ACGAGTGCGTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAC