您好，我正在使用 heatmap.2 在 R 中制作热图.我想使用 RowSideColors 选项。但是，我不知道如何轻松地为行创建颜色向量。
行代表细菌，我有一个数据框，其中包含我想用于着色的细菌信息。我要么使用 Bact_Phylo_Info$Phylum或 k 创建颜色向量。
> str(Bact_Phylo_Info)
'data.frame': 33 obs. of 3 variables:
$ Phylum: Factor w/ 7 levels "Actinobacteria",..: 4 3 3 2 2 2 2 2 5 5 ...
$ Order : Factor w/ 10 levels "Bacteroidales",..: NA 4 4 1 1 1 1 1 NA 5 ...
$ Family: Factor w/ 13 levels "Anaplasmataceae",..: NA 4 4 NA 11 2 11 12 NA NA ...
我尝试了一些东西，例如下面的疯狂循环，但我认为一定有一种简单的方法是我遗漏的。任何帮助表示赞赏。
BactPhyColors <- sapply(Bact_Phylo_Info$Phylum,
if (Bact_Phylo_Info$Phylum == levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)[i]),
rainbow(length(levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)))[i]
}
)
最佳答案
如果我很好地理解您尝试做的事情:您有一个编码为因子的变量，并且您尝试将其转换为颜色？
正在创建一些离散的比例颜色吗？
我在这里使用 brewer_pal来自 scales要创建的包以创建啤酒调色板。然后将其与因子变量合并。
library(scales)
dat <- data.frame(Phylum = gl(7,2))
n <- nlevels(dat$Phylum)
dat.col <- data.frame(Phylum =unique(dat$Phylum),
BactPhyColors =brewer_pal()(n)) ## you can also use rainbow(n)
merge(dat,dat.col)
merge(dat,dat.col)
Phylum BactPhyColors
1 1 #EFF3FF
2 1 #EFF3FF
3 2 #C6DBEF
4 2 #C6DBEF
5 3 #9ECAE1
6 3 #9ECAE1
7 4 #6BAED6
8 4 #6BAED6
9 5 #4292C6
10 5 #4292C6
11 6 #2171B5
12 6 #2171B5
13 7 #084594
14 7 #084594
关于r - 将因子映射到 heatmap.2 中的颜色，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/18015474/