r - 交互式 R 中的异步命令调度

Question

我想知道这是否可以(可能不是)使用 R 中的并行处理后端之一来完成。 .我尝试了一些谷歌搜索，但一无所获。

我目前遇到的一般问题:

我有一些大物体需要大约半小时才能到达 load

我想在数据上生成一系列图(需要几分钟)。

我想在发生这种情况时用数据做其他事情(虽然不改变底层数据!)

理想情况下，我将能够从交互式 session 中发送命令，而不必等待它返回(这样我就可以在等待绘图渲染的同时做其他事情)。这是可能的，还是一厢情愿的情况？

Answer 1

为了扩展 Dirk 的回答，我建议您使用 parallel 中的“snow”API。包裹。 mcparallel函数似乎非常适合此操作(如果您不使用 Windows)，但由于使用了 fork，因此它不能很好地执行图形操作。 . “snow” API 的问题在于它不正式支持异步操作。但是，如果您不介意使用非导出函数作弊，这很容易做到。如果您查看 clusterCall 的代码，你可以弄清楚如何异步提交任务:

> library(parallel)
> clusterCall
function (cl = NULL, fun, ...) 
{
    cl <- defaultCluster(cl)
    for (i in seq_along(cl)) sendCall(cl[[i]], fun, list(...))
    checkForRemoteErrors(lapply(cl, recvResult))
}

所以你只需使用 sendCall提交任务，和recvResult等待结果。这是使用 bigmemory 的示例包，正如德克所建议的那样。

您可以使用诸如 big.matrix 之类的函数创建一个“大矩阵”。或 as.big.matrix .您可能希望有效地做到这一点，但我只会转换矩阵 z使用 as.big.matrix :

library(bigmemory)
big <- as.big.matrix(z)

现在我将创建一个集群并将每个工作人员连接到 big使用 describe和 attach.big.matrix :

cl <- makePSOCKcluster(2)
worker.init <- function(descr) {
  library(bigmemory)
  big <<- attach.big.matrix(descr)
  X11()  # use "quartz()" on a Mac; "windows()" on Windows
  NULL
}
clusterCall(cl, worker.init, describe(big))

除了附加到大矩阵之外，这还会在每个 worker 上打开图形窗口。

调用 persp在第一个集群工作器上，我们使用 sendCall :

parallel:::sendCall(cl[[1]], function() {persp(big[]); NULL}, list())

这几乎立即返回，尽管在情节出现之前可能需要一段时间。此时，您可以将任务提交给其他集群工作器，或者做一些完全不相关的事情。在向同一个工作人员提交另一个任务之前，请确保您阅读了结果:

r1 <- parallel:::recvResult(cl[[1]])

当然，这一切都非常容易出错，而且一点也不漂亮，但是您可以编写一些函数以使其更容易。请记住，诸如此类的非导出函数可能会随着 R 的任何新版本而改变。

请注意，通过对集群对象进行子集化，在特定工作人员或工作人员集上执行任务是完全可能且合法的。例如:

clusterEvalQ(cl[1], persp(big[]))

这会将任务发送给第一个 worker ，而其他人什么都不做。但当然，这是同步的，因此在此任务完成之前，您无法对其他集群工作程序执行任何操作。我知道异步发送任务的唯一方法是作弊。