我正在寻找在 for 循环中生成并用标题结构化的测试结果的格式良好的 Markdown 输出。例如
df <- data.frame(x = rnorm(1000),
y = rnorm(1000),
z = rnorm(1000))
for (v in c("y","z")) {
cat("##", v, " (model 0)\n")
summary(lm(x~1, df))
cat("##", v, " (model 1)\n")
summary(lm(as.formula(paste0("x~1+",v)), df))
}
而输出应该是
y(模型 0)
Call:
lm(formula = x ~ 1, data = df)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-3.8663 -0.6969 -0.0465 0.6998 3.1648
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -0.05267 0.03293 -1.6 0.11
Residual standard error: 1.041 on 999 degrees of freedom
y(模型 1)
Call:
lm(formula = as.formula(paste0("x~1+", v)), data = df)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-3.8686 -0.6915 -0.0447 0.6921 3.1504
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -0.05374 0.03297 -1.630 0.103
y -0.02399 0.03189 -0.752 0.452
Residual standard error: 1.042 on 998 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.0005668, Adjusted R-squared: -0.0004346
F-statistic: 0.566 on 1 and 998 DF, p-value: 0.452
z(模型 0)
等等...
有几个结果讨论了问题的部分内容,例如 here或 here建议
asis
-tag 与 cat
结合使用-陈述。 This one包括标题。最接近我的请求似乎是 this question从两年前开始。然而,尽管受到高度赞赏,但一些建议已被弃用,例如
asis_output
或者我无法让它们在像 formattable
这样的一般条件下工作建议(例如使用 lm
-输出)。我只是想知道 - 从那以后两年过去了 - 是否有一种现代方法可以促进我正在寻找的东西。
最佳答案
解决方案类型 1
你可以做一个 capture.output(cat(.))
接近一些 lapply
-循环。将输出发送到文件并使用 rmarkdown::render(.)
.
这是产生 *.pdf
的 R 代码.
capture.output(cat("---
title: 'Test Results'
author: 'Tom & co.'
date: '11 10 2019'
output: pdf_document
---\n\n```{r setup, include=FALSE}\n
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)\n
mtcars <- data.frame(mtcars)\n```\n"), file="_RMD/Tom.Rmd") # here of course your own data
lapply(seq(mtcars), function(i)
capture.output(cat("# Model", i, "\n\n```{r chunk", i, ", comment='', echo=FALSE}\n\
print(summary(lm(mpg ~ ", names(mtcars)[i] ,", mtcars)))\n```\n"),
file="_RMD/Tom.Rmd", append=TRUE))
rmarkdown::render("_RMD/Tom.Rmd")
产生:
解决方案类型 2
当我们想在 rmarkdown 本身中自动输出多个模型摘要时,我们可以在 之间进行选择。 1. 选择块选项
results='asis'
这将产生代码输出,但例如# Model 1
头条新闻,或 2. 选择不选择它,这会产生 型号 1 但破坏了代码格式。解决方案是使用该选项并将其与我们可以使用的内联代码结合 paste()
与另一个 sapply()
-循环内sapply()
对于模型。在主
sapply
我们应用@G.Grothendieck 的尊敬 solution很好地替代 Call:
使用 do.call("lm", list(.))
的输出行.我们需要包装一个 invisible(.)
在它周围避免不必要的sapply()
输出 [[1]] [[2]]...
产生的空列表。我包括了一个
". "
进cat()
, 因为像 ` this`
这样的前导空白将呈现为 this
在摘要输出的第 6 行和第 10 行。这是生成
*pdf
的 rmarkdown 脚本也可以逐行执行:---
title: "Test results"
author: "Tom & co."
date: "15 10 2019"
output: pdf_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
# Overview
This is an example of an ordinary code block with output that had to be included.
```{r mtcars, fig.width=3, fig.height=3}
head(mtcars)
```
# Test results in detail
The test results follow fully automated in detail.
```{r mtcars2, echo=FALSE, message=FALSE, results="asis"}
invisible(sapply(tail(seq(mtcars), -2), function(i) {
fo <- reformulate(names(mtcars)[i], response="mpg")
s <- summary(do.call("lm", list(fo, quote(mtcars))))
cat("\n## Model", i - 2, "\n")
sapply(1:19, function(j)
cat(paste0("`", ". ", capture.output(s)[j]), "` \n"))
cat(" \n")
}))
```
***Note:*** This is a concluding remark to show that we still can do other stuff afterwards.
产生:
(注:站点 3 省略)
关于R Markdown,循环输出测试结果,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/58283042/