c - 在 C 中进行无替换采样以用于 R 代码

Question

我正在尝试用 C 语言编写一个将由 R 调用的函数。在该函数中，我需要随机抽取一个样本，而无需从 vector 中进行替换。 Rmath.h 是否可以在 R 中使用类似 sample() 的东西？如果没有，有谁知道为什么我会得到

    Symbol not found: _gsl_rng_mt19937

当我尝试 dyn.load() 调用包含(带有适当的 header )的代码时:

      #include <gsl/gsl_randist.h>
      #include <gsl/gsl_rng.h>

     void update_infs (int *inds,
      int *inf_times,
      int *n,
      int *n_inf,
      int *locs,
      int *Rinds,
      double *logmean,
      double *logsd,
      double *alpha,
      double *wts,
      int *indices  /* a vector 1:n */
      ) { 
    ...

   /* set up GSL RNG */
   gsl_rng * rng = gsl_rng_alloc(gsl_rng_mt19937);
   /* end of GSL setup */
    ...
   gsl_ran_choose(rng, tmp_inf_me, Rinds[i], indices, *n, sizeof (double));
    ... }

Answer 1

共享对象可能需要用像这样的命令编译

export PKG_CFLAGS=`gsl-config --cflags`
export PKG_LIBS=`gsl-config --libs`

然后

R CMD SHLIB gsl.c

或者替代地

PKG_CFLAGS=`gsl-config --cflags` PKG_LIBS=`gsl-config --libs` R CMD SHLIB gsl.c

这告诉编译器在哪里寻找 header ，以及链接器在哪里找到要链接的库。在编译和链接期间，命令应包含 gsl-config --cflags 和 gsl-config --libs 的输出，与

gcc -std=gnu99 -I/home/mtmorgan/bin/R-devel/include -I/usr/local/include -I/usr/include -fpi -c gsl.c -o gsl.o

在编译过程中

gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o gsl.so gsl.o -L/usr/lib -lgsl -lgslcblas -lm -L/home/mtmorgan/bin/R-devel/lib -lR

链接期间。成功的考验是

R -e 'dyn.load("gsl.so")'

在一个包中，会有一个文件 src/Makevars with

PKG_CFLAGS = `gsl-config --cflags`
PKG_LIBS = `gsl-config --libs`

并且，对于 gsl-config 可能不可用但用户已设法安装 gsl 并设置环境变量 LIB_GSL 的 Windows，文件 src/Makevars.win

PKG_LIBS += -L$(LIB_GSL)$(R_ARCH)/lib -lgsl -lgslcblas -lm
PKG_CPPFLAGS += -I$(RHOME)/src/include -I$(LIB_GSL)$(R_ARCH)/include