r - 结合一个函数和 for 循环

Question

我有像这样不同组织的数据

 tissueA tissueB tissueC
gene1    4.5 6.2 5.8
gene2    3.2 4.7 6.6

我想计算一个汇总统计数据

x = Σ [1-log2(i,j)/log2(i,max)]/n-1

其中 n 是组织的数量(这里是 3)，(i,max) 是 n 个组织中基因 i 的最高值，(即基因 1 是 6.2)。

因为我必须对每个基因的每个组织进行这个计算(总和从 j 到 n，并且 j=1)然后得到它的总和

我写了一个for循环

for (i in seq_along(x) {
my.max <- max(x[,i])
my.statistic <- (1-log2(x[,i]/log2[my.max])
my.sum <- sum(my.statistic)
my.answer <- my.sum/2 #(n-1=3-1=2)

但是我不确定如何为每一行应用这个 for 循环，通常我会写一个函数并执行 (apply,1,function(x)) 但我不确定如何将 for 循环变成一个函数。

例如，对于基因 1 的预期输出，它将是

(1-log2(4.5)/log2(6.2))/2 + (1-log2(5.8)/log2(6.2))/2 =0.1060983

Answer 1

以防万一如果你有一个庞大的数据集，你可以使用plyr的adply()与 apply() 相比速度更快

library(plyr)
adply(df, 1, function(x) 
data.frame( my.stat = sum(1-log2((x[,x != max(x)]))/log2(max(x))) / (length(x)-1)))

#tissueA tissueB tissueC   my.stat
#1     4.5     6.2     5.8 0.1060983
#2     3.2     4.7     6.6 0.2817665