Rscript 不适用于 AWS Lambda 的打包 R

Question

我正在尝试使用打包的 R 二进制文件和库(无需安装)在 AWS EC2 实例的命令行上运行 R 脚本——重点是测试脚本以部署到 AWS Lambda。我关注了these instructions .这些说明用于将所有 R 二进制文件和库打包到一个 zip 文件中，并将所有内容移动到 Amazon EC2 实例以进行测试。我在新机器上解压缩所有内容，在机器上运行“sudo yum update”，并将 R 的环境变量设置为指向正确的位置:

export R_HOME=$HOME
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib

注意:$HOME 等于/home/ec2-user。

我创建了这个 hello_world.R 文件来测试:

#!/home/ec2-user/bin/Rscript
print ("Hello World!")

但是当我运行这个时:

ec2-user$ Rscript hello_world.R

我收到以下错误:

Rscript execution error: No such file or directory

所以我检查了路径，但一切都检查过了:

ec2-user$ whereis Rscript
  Rscript: /home/ec2-user/bin/Rscript

ec2-user$ whereis R
  R: /home/ec2-user/bin/R /home/ec2-user/R

但是当我尝试在命令行中使用 Rscript 计算表达式时，我得到了这个:

ec2-user$ Rscript -e "" --verbose
  running
    '/usr/lib64/R/bin/R --slave --no-restore -e '

  Rscript execution error: No such file or directory

Rscript 似乎仍在默认位置“/usr/lib64/R/bin/R”中寻找 R，即使我的 R_HOME 变量设置为“/home/ec2-user”:

ec2-user$ echo $R_HOME
  /home/ec2-user

我找到了一些支持，但我找不到任何解决我的具体问题的方法。有人建议重新安装 R，但我的理解是，为了 Lambda 的目的，一切都需要自包含，所以我在一个单独的 EC2 实例上安装了 R，然后将其打包。我应该提一下，在安装了包管理器的 R 的机器上，一切都运行良好。

解决方案:发布我的 solution在答案中。

Answer 1

它认为它正盯着你看:

ec2-user$ whereis R
  R: /home/ec2-user/bin/R /home/ec2-user/R

是你放置 R 的地方——但是它是为/期望这样构建的:

ec2-user$ Rscript -e "" --verbose
  running
    '/usr/lib64/R/bin/R --slave --no-restore -e '

这些路径是不一样的。真正的错误可能是您假设您可以将构建和配置的 R 安装重新定位到不同的目录。你不能。

您可以为新的(已知的)路径构建 R 并安装它。在 configured-for 和 installed-at 路径相同的系统上，一切都很好:

$ Rscript -e "q()" --verbose
running
  '/usr/lib/R/bin/R --slave --no-restore -e q()'

$