r - 在 R 中将表转换为 fasta

Question

我有一张这样的表:

>head(X)
column1    column2
sequence1 ATCGATCGATCG
sequence2 GCCATGCCATTG

我需要一个 fasta 文件中的输出，如下所示:

sequence1  
ATCGATCGATCG
sequence2  
GCCATGCCATTG

所以，基本上我需要第二列的所有条目成为新行，穿插第一列。然后可以丢弃旧的第二列。

我通常这样做的方法是在 Notepad++ 中用\n 替换空格(或制表符)，但我担心我的文件太大而无法这样做。

有没有办法在 R 中做到这一点？

Answer 1

D <- do.call(rbind, lapply(seq(nrow(X)), function(i) t(X[i, ])))
D
#         1             
# column1 "sequence1"   
# column2 "ATCGATCGATCG"
# column1 "sequence2"   
# column2 "GCCATGCCATTG"

然后，当您写入文件时，您可以使用

write.table(D, row.names = FALSE, col.names = FALSE, quote = FALSE)
# sequence1
# ATCGATCGATCG
# sequence2
# GCCATGCCATTG

这样行名、列名和引号都将消失。