即使 NA 是允许的，R 函数 prcomp 也会因 NA 的值而失败

Question

我正在使用功能 prcomp计算前两个主成分。但是，我的数据有一些 NA 值，因此该函数会引发错误。即使在帮助文件 ?prcomp 中提到了定义的 na.action ，它似乎也不起作用。

这是我的例子:

d <- data.frame(V1 = sample(1:100, 10), V2 = sample(1:100, 10))

prcomp(d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

d$V1[5] <- NA
d$V2[7] <- NA

prcomp(d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

我正在为 Mac OS X 使用最新的 R 版本 2.15.1。

任何人都可以看到原因 prcomp失败？

这是我的新示例:

d <- data.frame(V1 = sample(1:100, 10), V2 = sample(1:100, 10))

result <- prcomp(d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

result$x

d$V1[5] <- NA

result <- prcomp(~V1+V2, data=d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

result$x

是否可以在 PC1 和 PC2 中保留第 5 行？在我的真实数据集中，我当然有两列以上的变量，只有其中一些缺失，我不想丢失隐藏在其他值中的剩余信息!

Answer 1

如果您不愿意使用公式界面，另一种解决方案是

prcomp(na.omit(d), center = TRUE, scale = TRUE)

其中包括申请 na.omit直接到数据框。