r - 如何计算R中的邻接矩阵

Question

我有这个数据。我想计算 R 中的邻接矩阵。

我怎样才能做到这一点？ V1、V2、V3是列。V1和V2是节点，W3是从V1到V2的权重。这些数据的方向很重要。计算邻接矩阵后，我想用R语言计算这些顶点之间的最短路径。

我怎样才能做到这一点？

      V1      V2     V3
[1] 164885   431072   3
[2] 164885   164885   24
[3] 431072   431072   5

Answer 1

这是一个更简单的解决方案，不需要 reshape() .我们只是直接从您拥有的数据框创建一个 igraph 图。如果你真的需要邻接矩阵，你仍然可以通过get.adjacency()得到它。 :

library(igraph)

## load data
df <- read.table(header=T, stringsAsFactors=F, text=
                 "     V1      V2    V3
                   164885   431072    3
                   164885   164885   24
                   431072   431072    5")

## create graph
colnames(df) <- c("from", "to", "weight")
g <- graph.data.frame(df)
g
# IGRAPH DNW- 2 3 -- 
# + attr: name (v/c), weight (e/n)

## get shortest path lengths
shortest.paths(g, mode="out")
#        164885 431072
# 164885      0      3
# 431072    Inf      0

## get the actual shortest path
get.shortest.paths(g, from="164885", to="431072")
# [[1]]
# [1] 1 2