R - 多列 fiddle 图

Question

我正在尝试绘制一个包含许多列的 fiddle 图。我将阅读这样的文件:

data <- read.table("file.txt", as.is=TRUE);

数据文件会有很多行，每一行应该是一列。问题是我事先不知道数据文件会有多少行。根据我通过研究发现的内容，我可以像这样制作 fiddle 图:

vioplot(x, y, z, ....);

这只会给我预设数量的列。我将如何处理所有行？此外，我有一个与列相对应的字符串列表，因此命名参数也需要类似的方法。

感谢任何帮助。

Answer 1

set.seed(101)
write.table(matrix(runif(1000),nrow=10),file="tmpfile.txt")
##

基本上，您想转置数据并将它们变成列列表...

dat <- read.table("tmpfile.txt", as.is=TRUE)
cdat <- as.list(as.data.frame(t(as.matrix(dat))))
names(cdat)[1] <- "x"  ## vioplot() needs the first element to be called 'x'
library(vioplot)

然后使用do.call

do.call(vioplot,cdat)

如果您有一个要使用的名称向量:

do.call(vioplot,c(cdat,list(names=nameVector)))

(其他参数将与 names 一起添加到附加参数列表中)

从长远来看，我建议 (1) 如果可能的话，按列而不是按行存储数据； (2) 熟悉 ggplot2 中的 geom_violin() -- 它更加灵活。

library(reshape2)
mdat <- melt(t(as.matrix(dat)))  ## convert to long format

现在数据存储为 100 行 3 列的数据框，带有变量 Var1 (表示原始数据集中的列)和 Var2(行 来自原始数据集，对应于其中一个变量)。

library(ggplot2)
ggplot(mdat,aes(x=factor(Var2),y=value))+geom_violin()+
   labs(x="variable")