r - 模块化的 R markdown 结构

Question

已经有一些关于此的问题，但它们要么不清楚，要么提供了不起作用的解决方案，可能是因为它们已经过时了:

Proper R Markdown Code Organization

How to source R Markdown file like `source('myfile.r')`?

http://yihui.name/knitr/demo/externalization/

大型项目的模块化代码结构

R Markdown/Notebook 很好，但它的呈现方式通常只有一个文件，其中包含所有文本和所有代码块。我经常有这样的单个文件结构不是一个好的设置的项目。相反，我使用单个 .R加载另一个 .R 的主文件文件顺序。我想使用 R Notebook 复制这个结构，即我有一个 .Rmd我从多个 .R 调用代码的文件文件来自。

以这种方式处理项目的好处是它允许使用 .R 与 RStudio 进行正常的工作流程。文件，还有 R Notebook/Markdown 的简洁输出，无需复制代码。

最小的例子

这被简化以使示例尽可能小。两个.R文件和一个主 .Rmd文件。
start.R

# libs --------------------------------------------------------------------
library(pacman)
p_load(dplyr, ggplot2)
#normally load a lot of packages here

# data --------------------------------------------------------------------
d = iris
#use iris for example, but normally would load data from file

# data manipulation tasks -------------------------------------------------
#some code here to extract useful info from the data
setosa = dplyr::filter(d, Species == "setosa")

plot.R

#setosa only
ggplot(setosa, aes(Sepal.Length)) +
  geom_density()

#all together
ggplot(d, aes(Sepal.Length, color = Species)) +
  geom_density()

然后是笔记本文件:
notebook.Rmd :

---
title: "R Notebook"
output:
  html_document: default
  html_notebook: default
---

First we load some packages and data and do slight transformation:

```{r start}
#a command here to load the code from start.R and display it
```

```{r plot}
#a command here to load the code from plot.R and display it
```

期望的输出

所需的输出是从 start.R 手动复制代码得到的。和 plot.R进入 notebook.Rmd 中的代码块.这看起来像这样(由于屏幕空间不足而丢失了一些):



我尝试过的事情
source
这会加载代码，但不会显示它。它只显示 source命令:


knitr::read_chunk
提到了这个命令here , 但实际上它与 source 的作用相同据我所知:它加载代码但不显示任何内容。



如何获得所需的输出？

Answer 1

解决方法是使用 knitr 的 block 选项 code .根据knitr docs :

code: (NULL; character) if provided, it will override the code in the current chunk; this allows us to programmatically insert code into the current chunk; e.g. a chunk option code = capture.output(dump('fivenum', '')) will use the source code of the function fivenum to replace the current chunk

然而，没有提供示例。听起来必须给它一个字符向量，所以让我们试试 readLines :

```{r start, code=readLines("start.R")}
```

```{r plot, code=readLines("start.R")}
```

这会产生所需的输出，从而允许模块化的项目结构。

直接向它提供文件不起作用(即 code="start.R" )，但会是一个很好的增强。