r - 将相关矩阵转换为包含每行列对记录的数据帧

Question

我有一个很大的相关矩阵(1093 x 1093)。我正在尝试将我的矩阵放入一个数据框中，该数据框中的每一行和列对都有一列，因此它将 (1093)^2 条记录。

这是我的矩阵的片段

            60516        45264        02117
60516  1.00000000 -0.370793012 -0.082897941
45264 -0.37079301  1.000000000  0.005145601
02117 -0.08289794  0.005145601  1.000000000

这里的目标是拥有一个如下所示的数据框:

row column correlation
60516 60516 1.000000000
60516 45264 -0.370793012

........ 等等。

有人有任何提示吗？如果我能澄清任何事情，请告诉我

谢谢，
本

Answer 1

对于矩阵 m ，您可以执行以下操作:

data.frame(row=rownames(m)[row(m)], col=colnames(m)[col(m)], corr=c(m))

#     row   col         corr
# 1 60516 60516  1.000000000
# 2 45264 60516 -0.370793010
# 3 02117 60516 -0.082897940
# 4 60516 45264 -0.370793012
# 5 45264 45264  1.000000000
# 6 02117 45264  0.005145601
# 7 60516 02117 -0.082897941
# 8 45264 02117  0.005145601
# 9 02117 02117  1.000000000

但是，如果您的矩阵是对称的，并且您对对角线不感兴趣，那么您可以将其简化为:

data.frame(row=rownames(m)[row(m)[upper.tri(m)]], 
           col=colnames(m)[col(m)[upper.tri(m)]], 
           corr=m[upper.tri(m)])

#     row   col         corr
# 1 60516 45264 -0.370793012
# 2 60516 02117 -0.082897941
# 3 45264 02117  0.005145601