r - 在R中查看包中的所有内容(不仅仅是对象)

Question

这可能是一个新手的问​​题，但是我想我做了家庭作业，但还没有找到答案(我希望找到)，因此我将其张贴在这里以寻求帮助。

之前曾问过类似的问题，但是从我发现的问题来看，除了“昂贵”的解决方案(该解决方案需要R的编辑器)之外，没有其他答案可以帮助我解决当前问题。

我了解到ls和objects允许我们查看包中的对象。但是即使使用ls(all.names=TRUE)，我仍然看不到所有的内容。有人建议使用ls(getNAMEspace)，但这对我来说还不够好。

例如

>search()
[1]".GlobalEvn"      "package:TCGAGBM"
>ls("package:TCGAGBM")
character(0)
>ls(getNamespace("TCGAGBM"),all.names=TRUE)
[1]"._NAMESPACE_."   "._S3MethodsTable_."  ".packageName"

但是，在C(cmd)下，我看到以下内容

C:\Users\XYZ\Documents\R\R-2.15.1\library\TCGAGBM . .. data extdata ...... (total 3 File(s), 7 Dir(s))

当我看到以下脚本行时，遇到了这种“差异”:

>clinical=read.delim(system.file(
+"extdata/Clinical/clinical_patient_public_GBM.txt.gz",
+package="TCGAGBM"), header=TRUE)

因此，我想知道R下是否有办法查看软件包中的所有内容，以便我们“知道”如何更好地利用软件包。 Vignette可能会有所帮助，但是到目前为止，根据我对R的有限经验，我发现Vignette并未附带某些软件包。

任何评论将不胜感激，以帮助我了解有关R的更多信息。

Answer 1

到目前为止，我的首选方法是简单地查看相关软件包的源代码。

实际上，我实际上经常这样做，因为运行CRANberries会产生一个本地CRAN镜像，这是一个副作用。但是，即使您不这样做，CRAN软件包的确也可以很快下载，并且源代码中会附带注释，而解析的代码将排除这些注释。

编辑:我也发现了Ben的发现:肖恩·戴维斯(Sean Davis)在http://watson.nci.nih.gov/~sdavis/tutorials/TCGA_data_integration/的页面-看起来它也使用了一些BioC软件包。我仍然会研究源代码，该源代码通常比已安装的程序包具有更多的注释，注释，其他功能……但这也许只是我的偏爱。他们说的YMMV。