r - 具有显着差异和相互作用的条形图？

Question

我想可视化我的数据和方差分析统计数据。通常使用带有指示显着差异和交互作用的线条的条形图来执行此操作。你如何使用 R 制作这样的情节？

这就是我想要的:

显着差异:



重要互动:



背景

我目前正在使用 barplot2{ggplots}绘制条形图和置信区间，但我愿意使用任何包/程序来完成工作。要获取我当前使用的统计信息 TukeyHSD{stats}或 pairwise.t.test{stats}用于差异和方差分析函数之一( aov 、 ezANOVA{ez} 、 gls{nlme} )用于交互。

只是给你一个想法，这是我目前的情节:

Answer 1

当您使用功能时 barplot2()来自图书馆 gplots ，将给出使用这种方法的例子。

首先，按照 barplot2() 的帮助文件中的说明制作条形图。功能。 ci.l和 ci.u是假置信区间值。条形图应保存为对象。

hh <- t(VADeaths)[1:2, 5:1]
mybarcol <- "gray20"
ci.l <- hh * 0.85
ci.u <- hh * 1.15
mp <- barplot2(hh, beside = TRUE,
               col = c("grey12", "grey82"),
               legend = colnames(VADeaths)[1:2], ylim = c(0, 100),
               cex.names = 1.5, plot.ci = TRUE, ci.l = ci.l, ci.u = ci.u)

如果你看对象 mp ，它包含所有条形的 x 坐标。

 mp
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]  1.5  4.5  7.5 10.5 13.5
[2,]  2.5  5.5  8.5 11.5 14.5

现在我使用置信区间上限来计算线段 y 值的坐标。分割将从比置信区间结束位置高 1 的位置开始。 y.cord包含四行 - 第一行和第二行对应于第一条，其他两行对应于第二条。最高 y 值是根据每个条形对的置信区间的最大值计算得出的。x.cord值只是重复 mp 中的相同值对象，每次 2 次。

y.cord<-rbind(c(ci.u[1,]+1),c(apply(ci.u,2,max)+5),
          c(apply(ci.u,2,max)+5),c(ci.u[2,]+1))
x.cord<-apply(mp,2,function(x) rep(x,each=2))

使用条形图后 sapply()使用计算出的坐标制作五个线段(因为这次有 5 组)。

sapply(1:5,function(x) lines(x.cord[,x],y.cord[,x]))

要在段上方绘制文本，计算 x 和 y 坐标，其中 x 是两个条形 x 值的中点，而 y 值是根据每个条形对的置信区间的最大值加上一些常数来计算的。然后使用函数 text()添加信息。

x.text<-colMeans(mp)
y.text<-apply(ci.u,2,max)+7
text(c("*","**","***","NS","***"),x=x.text,y=y.text)